Los análogos de la prostaglandina como el misoprostol se utilizan en el tratamiento de las úlceras duodenales y gástricas. El misoprostol y otros análogos de las prostaglandinas protegen el revestimiento del tracto gastrointestinal de los ácidos estomacales nocivos y están especialmente indicados para los ancianos que toman dosis continuas de AINE.
En el campo de la oftalmología, los fármacos de esta clase se utilizan para reducir la presión intraocular (PIO) en personas con glaucoma. Hasta finales de la década de 1970 se pensaba que las prostaglandinas elevaban la PIO, pero un trabajo publicado en 1977 demostró que la prostaglandina F2α la disminuía, y en estudios posteriores se descubrió que esto se debía al aumento del flujo de salida del humor acuoso, principalmente por la relajación del músculo ciliar, y posiblemente también a cambios en la matriz extracelular y al ensanchamiento de los espacios dentro de la malla trabecular. Este trabajo condujo al desarrollo de profármacos de la PGF2α, incluido el latanoprost, un análogo isopropílico de la PGF2α, aprobado por la FDA en 1996, el bimatoprost y el travoprost, ambos aprobados en 2001, y el tafluprost, aprobado en 2012. Sin embargo, existen notables efectos secundarios asociados a su uso, como el aumento del crecimiento de las pestañas, la pigmentación del iris y el oscurecimiento de la piel alrededor del ojo.