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No se debe confundir con un doble Merle, el Cryptic Merle o «Phantom Merle» como se les apoda, son un comodín entre las camadas. En raras ocasiones pueden nacer Cryptic Merles en una camada de cualquier parentesco con el gen Merle. Los Cryptic Merles son una mutación del gen Merle y se parecen a un Tri black, o Tri red pero pueden tener exceso de manchas blancas en el cuerpo, y salpicaduras de merle.
Son apodados los Phantom Merle porque en algunos casos no puede haber una aparente coloración merle detectada y podría ser confundido con un Aussie de color Tri. Otros Cryptic Merle pueden ser fácilmente notados por el exceso de blanco o parches más grandes de Merle en el pelaje.
La coloración Merle críptica proviene del gen Merle llamado SINE (Short Interspeed Nucleotide Element). Este gen es lo que hace que el pelaje Merle sea tan versátil y único. La longitud del gen SINE en un perro determinará cuán pequeñas o grandes serán las manchas o parches oscuros en el pelaje Merle.
Si un Cryptic Merle se cruza con otro Merle, producirán tanto cachorros Tri, como Merle. Sin embargo, hay un 3% de posibilidades de que produzcan dobles Merles y los riesgos asociados de sordera y ceguera, y por lo tanto, también se desaconseja la cría de Merles crípticos.
Cuanto más largo sea el gen SINE en un perro, más merle se verá. Mientras que cuanto más corto sea el gen SINE en un perro, el merle será menos aparente, y comenzará a parecerse más a un Tri, como se ve en las fotos de abajo de izquierda a derecha.