Dne 21. dubna 1898 vyhlásily Spojené státy válku Španělsku. Příčin konfliktu bylo mnoho, ale těmi bezprostředními byla americká podpora pokračujícího boje Kuby proti španělské nadvládě a záhadný výbuch lodi U.S.S. Maine v havanském přístavu. Jednalo se o první zámořskou válku vedenou Spojenými státy, která zahrnovala tažení na Kubě i na Filipínských ostrovech.
Španělská flotila střežící Filipíny byla 1. května 1898 poražena americkým námořnictvem pod velením komodora George Deweyho. Prezident McKinley, který o Deweyho úspěchu nevěděl, povolil shromáždění vojsk za účelem tažení proti hlavnímu městu Manile. Vojenskou základnou, která se nejlépe hodila jako nástupní místo pro vojska směřující na Filipíny, bylo Presidio v San Francisku. Většinu těchto vojáků tvořili dobrovolníci pocházející z celých Spojených států, kteří se v Presidiu shromažďovali a cvičili před dlouhou námořní plavbou na Filipíny a před svou účastí v, jak řekl ministr zahraničí John Hay, „nádherné malé válce“.“
Úloha prezidia
Prezidium bylo přirozeným nástupním místem, protože se nacházelo v blízkosti nejlepšího přístavu na západním pobřeží a disponovalo dostatkem půdy pro ubytování a výcvik velkého počtu vojáků pro službu na Filipínách. První vojáci opustili Presidio v květnu 1898 a tvořily je 1. kalifornský pěší pluk a 2. oregonský pěší pluk. Brzy byli v Presidiu kromě pravidelné posádky umístěni i vojáci z Washingtonu, Montany, Iowy, Wyomingu, Kansasu, Tennessee a Utahu. Od začátku války do roku 1900 prošlo stanovištěm na cestě na Filipíny přibližně 80 000 mužů. Na přelomu století nabízelo San Francisco mnoho atrakcí, ale život armády v Presidiu byl stísněný a v dočasných stanových táborech často propukaly nemoci. Tato situace přiměla armádu ke zlepšení zázemí pro vojáky a pomohla v následujících letech změnit tvář Presidia.
Boj na Filipínách
Většina vojáků Presidia se na ostrovy dostala příliš pozdě, aby mohla bojovat proti Španělům v krátké válce. Filipínští povstalci však vedli partyzánskou válku proti španělskému kolonialismu již dlouho předtím, než se do ní zapojily USA. Jejich exilový vůdce Emilio Aquinaldo rychle navázal kontakt s útočícími jednotkami, které již byly na cestě na Filipíny, v domnění, že Spojené státy pomohou „Insurrectos“ získat nezávislost na Španělsku. Expanzionisté ve vládě USA však měli jiné plány. Po podpisu Pařížské smlouvy 10. prosince 1898, která ukončila válku proti Španělsku, se Spojené státy ke zděšení filipínských nacionalistů rozhodly dát Kubě nezávislost, ale ponechat si Filipíny.
Filipínský boj za nezávislost
Snaha Spojených států rozšířit svůj vliv v Tichomoří podnítila filipínsko-americkou válku. Boje vypukly 4. února 1899 a nakonec daleko přesáhly boje proti Španělsku. V době vypuknutí měly Spojené státy na Filipínách jen malé množství vojáků ve srovnání se 40 000 Aquinaldovými bojovníky. Počet amerických vojáků se zvyšoval až do roku 1901, kdy dosáhl 75 000. Téměř všichni vojáci vyslaní do bojů na Filipínách strávili nějaký čas v Presidiu.
Úloha Spojených států ve světové politice
Španělsko-americká válka a její následky oddálily nezávislost Filipín až do doby po druhé světové válce, ale navázaly vztahy, které podpořily značné množství filipínské populace na území USA. Spojené státy se díky svým novým zámořským državám staly vlivnou světovou velmocí a nastoupily cestu, která ovlivní jejich roli v mezinárodních záležitostech na celé budoucí století.