Analoga prostaglandinů, jako je misoprostol, se používají při léčbě duodenálních a žaludečních vředů. Misoprostol a další analoga prostaglandinů chrání sliznici gastrointestinálního traktu před škodlivou žaludeční kyselinou a jsou indikovány zejména u starších osob užívajících kontinuální dávky NSAID.
V oblasti oftalmologie se léky této třídy používají ke snížení nitroočního tlaku (IOP) u osob s glaukomem. Až do konce 70. let 20. století se mělo za to, že prostaglandiny zvyšují IOP, ale práce publikovaná v roce 1977 ukázala, že prostaglandin F2α jej snižuje, a následné studie zjistily, že je to způsobeno zvýšením odtoku vodnatého moku, především uvolněním ciliárního svalu, a možná také změnami v extracelulární matrix a rozšířením prostorů v trabekulární síťce. Tato práce vedla k vývoji proléčiv PGF2α, včetně latanoprostu, izopropylového analogu PGF2α, schváleného FDA v roce 1996, bimatoprostu a travoprostu, obou schválených v roce 2001, a tafluprostu, schváleného v roce 2012. S užíváním jsou však spojeny významné nežádoucí účinky, včetně zvýšeného růstu řas, pigmentace duhovky a ztmavnutí kůže v okolí oka
.