Cryptic Merle nebo „Phantom Merle“, jak se jim přezdívá, nejsou zaměnitelní s Double Merle. Ve vzácných případech se Cryptic Merle mohou narodit ve vrhu jakéhokoli rodiče s genem Merle. Cryptic Merle jsou mutací merle genu a vypadají jako Tri black nebo Tri red, ale mohou mít nadbytečné bílé skvrny na těle a skvrny merle.
Přezdívá se jim Phantom Merle, protože v některých případech u nich nelze zjistit žádné zjevné merle zbarvení a mohli by být zaměněni za Tri colored Aussie. Jiné kryptické merle lze snadno rozpoznat pro přebytek bílé barvy nebo větší skvrny merle na srsti.
Kryptické merle zbarvení pochází z merle genu zvaného SINE (Short Interspeed Nucleotide Element). Díky tomuto genu je srst Merle tak všestranná a jedinečná. Délka genu SINE u psa určuje, jak malé nebo velké budou tmavé skvrny nebo fleky na srsti Merle.
Pokud je kryptický merle křížen s jiným merlem, budou mít štěňata jak tri, tak merle. Existuje však 3% pravděpodobnost, že budou produkovat dvojité merle a s tím spojené riziko hluchoty a slepoty, a proto se kryptické merle také nedoporučuje chovat.
Čím déle je gen SINE v psovi, tím více merle uvidíte. Zatímco čím kratší je gen SINE u psa, merle bude méně patrný a začne vypadat spíše jako tri, jak je vidět na fotografiích níže zleva doprava.