Příčina tohoto onemocnění není jistá, ale hlavní roli hraje bakteriální druh Staphylococcus aureus, který lze detekovat v lézích většiny pacientů. Není jasné, zda se jedná o jiný primárně sterilní proces se sekundární kolonizací Staphylococcus aureus, nebo zda Staphylococcus aureus zahajuje proces vyvoláním silné imunitní reakce. Další možností je, že Staphylococcus aureus produkuje toxiny, které působí jako superantigeny, které přímo aktivují T-buňky přes variabilní doménu T-buněčných receptorů. Nicméně Staphylococcus aureus lze nalézt téměř u všech pacientů postižených touto poruchou, zatímco u nepostižených osob je zjištěn pouze ve 20-30 %.
Jelikož Staphylococcus aureus není vždy nalezen u osob, které trpí folikulitidou decalvans, musí být přítomny další faktory. Vyšetřením v rodinách bylo zjištěno, že existuje rodinná souvislost s výskytem, což vede k závěru, že existuje genetická predispozice; například pacienti s folikulitidou decalvans by mohli mít dědičně odlišné otevření vlasového folikulu, které by mohlo usnadnit uložení bakterie. Z imunologického hlediska je další možností, že k zánětu přispívá zejména silný mezibuněčný fixační protein ICAM-1, který svým silným účinkem přitahuje bílé krvinky, jako jsou granulocyty a lymfocyty
.