Jezero Marion vzniklo výstavbou přehrady Santee v listopadu 1941 jako součást hydroelektrického a navigačního projektu státní společnosti Santee Cooper. Součástí projektu byla také výstavba přehrady Pinopolis (Cooper River Dam), která vytvořila jezero Moultrie bezprostředně po proudu řeky, a odváděcího kanálu o délce sedm a půl míle, který je spojoval. Jednalo se o jeden z infrastrukturních projektů podporovaných prezidentem Franklinem D. Rooseveltem v době Velké hospodářské krize s cílem zajistit pracovní místa a investovat do budoucnosti.
Přehrada ve Wilson’s Landing je dlouhá osm mil a má 62 Tainterových vrat. Navzdory své velikosti vyrábí přehrada Santee pouze 1,92 megawattů vodní energie. Hydroelektrické zařízení na přehradě Pinopolis bylo navrženo tak, aby vyrábělo lví podíl energie podle původního plánu: vyrábí přibližně 128 megawattů. V roce 1985 v rámci rozsáhlého převádění a přepracování projektu instaloval inženýrský sbor armády Spojených států hydroelektrárnu na přehradě St. Stephen Dam, aby získal zpět ztracený výrobní výkon dalších 84 megawattů.
Jezero Marion je napájeno mnoha přítoky, včetně Wyboo Creek a Santee River, a také četnými prameny, včetně Eutaw Springs. Jezero je pojmenováno po generálovi americké revoluční války Francisi Marionovi, legendárně známém jako „liška z bažin“. Jeho bývalý domov Pond Bluff byl jedním z těch, které byly při vzniku jezera zatopeny.