Zrušení feudalismu
Reformátoři Meidži začali s opatřeními, která se týkala decentralizované feudální struktury, jíž přičítali slabost Japonska. V roce 1869 přesvědčili pány ze Satsumy, Čóšú, Tósy a Ságy, aby vrátili svá panství trůnu. Ostatní je rychle následovali. Dvůr podnikl kroky ke standardizaci správy panství a jmenoval jejich bývalé daimjóy guvernéry. V roce 1871 byli guvernéři-daimyo předvoláni do Tokia a bylo jim oznámeno, že domény jsou oficiálně zrušeny. Z 250 bývalých domén se nyní stalo 72 prefektur a tři metropolitní oblasti, jejichž počet se později snížil o třetinu. V tomto procesu byla většina daimjóů zbavena správních funkcí, a přestože byli v roce 1884 odměněni tituly v novém šlechtickém stavu evropského typu, byli fakticky zbaveni politické moci.
Vůdci Meidži si také uvědomili, že musí ukončit složitý třídní systém, který existoval za feudalismu. Přesto bylo obtížné vypořádat se se samuraji, kterých bylo v roce 1868 i se závislými osobami téměř dva miliony. Od roku 1869 byla stará hierarchie nahrazena jednodušším rozdělením, které zavedlo tři řády: dvorská šlechta a bývalí feudální páni se stali kazoku („vrstevníky“); bývalí samurajové, šizoku a všichni ostatní (včetně vyděděných skupin) se nyní stali heimin („prostými lidmi“). Samurajové zpočátku dostávali roční důchody, ale finanční tíseň si v roce 1876 vynutila jejich přeměnu na jednorázové platby úročených, ale nekonvertibilních dluhopisů. Další symbolické třídní rozdíly, jako například účes samurajů a výsada nosit meč, byly zrušeny.
Mnozí bývalí samurajové neměli obchodní zkušenosti a své dluhopisy promrhali. Jejich hodnotu snižovala také inflace. Národní branný systém zavedený v roce 1873 samuraje dále zbavil monopolu na vojenskou službu. Nespokojenost samurajů vyústila v četná povstání, k nejvážnějším docházelo na jihozápadě, kde začalo hnutí za obnovu a kde bojovníci očekávali největší odměny. Povstání v Čóšú vyjadřovalo nespokojenost se správními opatřeními, která samuraje připravila o jejich postavení a příjmy. V Sáze samurajové volali po zahraniční válce, která by jejich třídě zajistila zaměstnání. Poslední a zdaleka největší povstání se odehrálo v Satsumě v roce 1877. Toto povstání vedl hrdina restaurace Saigō Takamori a trvalo šest měsíců. Branci císařské vlády měli co dělat, aby Saigōa porazili, ale nakonec lepší doprava, moderní komunikace a lepší zbraně zajistily vládě vítězství. V tomto případě, stejně jako v ostatních povstáních, byly problémy lokalizované a loajalita většiny satsumských mužů v ústřední vládě zůstala na straně císařské věci.
V roce 1873 byly zahájeny průzkumy půdy, aby se určilo množství a hodnota půdy na základě průměrných výnosů rýže v posledních letech, a byla zavedena peněžní daň ve výši 3 % z hodnoty půdy. Stejné průzkumy vedly k vydání osvědčení o vlastnictví půdy pro zemědělce, kteří byli osvobozeni od feudální kontroly. Opatření týkající se půdy zahrnovala zásadní změny a mezi zemědělci panoval všeobecný zmatek a nejistota, která se projevila v podobě krátkodobých vzpour a demonstrací. Zavedení soukromého vlastnictví a opatření na podporu nových technologií, hnojiv a osiv však vedly k nárůstu zemědělské produkce. Pozemková daň, doplněná tištěnými penězi, se stala na několik desetiletí hlavním zdrojem státních příjmů.
Přestože vláda těžce sháněla peníze, zahájila program industrializace, který byl považován za nezbytný pro národní sílu. S výjimkou vojenského průmyslu a strategických komunikací byl tento program z velké části v soukromých rukou, ačkoli vláda zřídila pilotní závody, aby poskytla podporu. Obchod a výroba těžily z rostoucího národního trhu a právní jistoty, ale nerovné smlouvy uzavřené se zahraničními mocnostmi znemožňovaly chránit průmysl cly až do roku 1911.
V 80. letech 19. století vedly obavy z nadměrné inflace vládu k prodeji zbývajících závodů soukromým investorům – obvykle jednotlivcům s úzkými vazbami na vládnoucí kruhy. Výsledkem bylo, že mnoho průmyslových odvětví ovládla malá skupina mužů. Společně se stali známými jako zaibatsu neboli finanční kliky. Díky velkým příležitostem a malému počtu konkurentů začaly firmy zaibatsu ovládat jeden podnik za druhým. Tito muži sdíleli podobnou vizi pro zemi a udržovali úzké vazby s vedením vlády. Například rod Mitsui měl přátelské vztahy s mnoha oligarchy z období Meidži a rod Mitsubishi založil samuraj z rodu Tosa, který byl spolupracovníkem osob z vnitřního kruhu vlády.
Stejně důležitý pro budování moderního státu byl rozvoj národní identity. Skutečná národní jednota vyžadovala šíření nové loajality mezi širokým obyvatelstvem a přeměnu bezmocných a nevýrazných rolníků v občany centralizovaného státu. Využití náboženství a ideologie bylo pro tento proces zásadní. Raná politika Meidži proto vyzdvihla šintó na nejvyšší místo v nové náboženské hierarchii a nahradila buddhismus kultem národních božstev, která podporovala trůn. Křesťanství bylo neochotně legalizováno v roce 1873, ale přestože bylo pro některé intelektuály důležité, mnozí členové vlády k němu přistupovali s podezřením. Problémem zůstávalo, jak využít tradiční hodnoty, aniž by hrozilo odsouzení ze zahraničí, že vláda Japoncům vnucuje státní náboženství. V 90. letech 19. století představoval vzdělávací systém ideální prostředek k vštěpování nové ideologické orientace. Systém všeobecného vzdělávání byl vyhlášen v roce 1872. Po určitou dobu byla jeho organizace a filozofie západní, ale během 80. let 19. století se objevil nový důraz na etiku, protože se vláda snažila čelit přílišné westernizaci a následovala evropské myšlenky nacionalistického vzdělávání. Císařský reskript o vzdělávání (Kjóiku čókugo) z roku 1890 vytyčil linie konfuciánské a šintó ideologie, které tvořily morální obsah pozdějšího japonského vzdělávání. Centrem ideologie občana se tak stala loajalita k císaři, která byla opředena konfuciánským učením a úctou šintó. Aby se stát vyhnul obvinění z indoktrinace, rozlišoval mezi tímto světským kultem a skutečným náboženstvím a povoloval „náboženskou svobodu“, přičemž určitou formu uctívání vyžadoval jako vlasteneckou povinnost všech Japonců. Vzdělávací systém byl rovněž využíván k tomu, aby do občanů obecně promítal ideál samurajské věrnosti, který byl dědictvím vládnoucí třídy.