V 70. a 80. letech 20. století vykazovaly zalesněné oblasti ve střední Evropě, jižní Skandinávii a na východě Severní Ameriky alarmující známky odumírání lesů a úhynu stromů. Průzkum z roku 1993 ve 27 evropských zemích odhalil poškození nebo odumření znečištěného ovzduší u 23 % ze 100 000 zkoumaných stromů. Je pravděpodobné, že odumírání bylo důsledkem mnoha faktorů, včetně kyselé depozice (např. okyselení půdy a ztráta pufrační kapacity, mobilizace toxického hliníku, přímé působení kyselin na listí), působení přízemního ozonu, možného nadměrného hnojení v důsledku depozice sloučenin dusíku (např. dusičnanů, amonných a amoniakálních sloučenin) a celkového stresu způsobeného kombinací těchto faktorů. Jakmile je strom v oslabeném stavu, je pravděpodobnější, že podlehne dalším stresovým faktorům prostředí, jako je sucho, napadení hmyzem a infekce patogeny. Bylo zjištěno, že oblasti odumírání lesů jsou často spojeny s oblastmi s nízkou pufrační kapacitou, kde dochází také k poškození vodních ekosystémů v důsledku kyselé depozice.
Simon Fraser-Science Photo Library/Photo Researchers, Inc.
Encyclopædia Britannica, Inc.
Kyselé depozice se podílejí na změně chemismu půdy a úbytku některých druhů stromů přímou i nepřímou cestou. Špatně pufrované půdy jsou obzvláště náchylné k okyselování, protože v nich chybí značné množství bazických kationtů (kladně nabitých iontů), které kyselost neutralizují. Vápník, hořčík, sodík a draslík, což jsou bazické kationty, které se podílejí na většině kyselin neutralizující schopnosti půd, pocházejí ze zvětrávání hornin a z mokré a suché depozice. Některé z těchto bazických kationtů (např. vápník a hořčík) jsou také sekundárními rostlinnými živinami, které jsou nezbytné pro správný růst rostlin. Zásoba těchto bazických kationtů se snižuje, protože neutralizují kyseliny přítomné ve vlhké a suché depozici a jsou z půdy vyplavovány. Krajina dříve bohatá na bazické kationty se tak může stát citlivou na kyseliny, pokud jsou půdotvorné procesy pomalé a bazické kationty nejsou nahrazovány zvětráváním nebo depozičními procesy.
K okyselení půdy může dojít také tam, kde je vysoká depozice amoniaku (NH3) a amoniaku (NH4+). Depozice amoniaku a amoniaku vede k produkci H+ (což má za následek okyselení), když jsou tyto chemické látky přeměněny bakteriemi na dusičnany (NO3-) v procesu zvaném nitrifikace:
NH3 + O2 → NO2- + 3H+ + 2e-
NO2- + H2O → NO3- + 2H+ + 2e-
Zdrojem NH3 a NH4+ je z velké části zemědělská činnost, zejména chov hospodářských zvířat (kuřat, prasat a skotu). Přibližně 80 % emisí NH3 ve Spojených státech a v Evropě pochází ze zemědělského sektoru. Odpařováním nebo odpařováním živočišných odpadů se NH3 uvolňuje do atmosféry. Tento proces často vede k usazování amoniaku v blízkosti zdroje emisí. NH3 se však může přeměnit na amonné částice, které se mohou přenášet a usazovat jako mokrá a suchá depozice stovky kilometrů od zdroje emisí.
Kromě negativní změny chemismu půdy se ukázalo, že kyselá depozice přímo ovlivňuje některé druhy dřevin. Smrky červené (Picea rubens), které se vyskytují ve vyšších nadmořských výškách na východě Spojených států, jsou poškozovány kyselinami, které vyplavují vápník z buněčných membrán jejich jehlic, čímž se jehlice stávají náchylnější k poškození mrazem během zimy. Poškození je často největší v horských oblastech, protože v těchto oblastech se často usazuje více kyselin než v nižších oblastech a zimní prostředí je zde extrémnější. Horské oblasti jsou vystaveny vysoce kyselé vodě z mraků a mlh spolu s dalšími environmentálními stresy. Kromě toho může být červený smrk poškozen zvýšenou koncentrací toxického hliníku v půdě. Tyto procesy mohou snížit příjem živin kořeny stromů. Populace javoru cukrového (Acer saccharum) rovněž klesají na severovýchodě Spojených států a v některých částech východní Kanady. Na tomto poklesu se podílí vysoká koncentrace hliníku v půdě a nízká koncentrace vápníku v půdě v důsledku kyselé depozice. Mezi další stromy v této oblasti, které jsou negativně ovlivněny kyselou depozicí, patří osika (Populus), bříza (Betula) a jasan (Fraxinus).
Někteří vědci tvrdí, že kyselá depozice může ovlivňovat geologii některých oblastí. Studie z roku 2018 zkoumající sesuv půdy v Jiweishanu v jihozápadní Číně z roku 2009 navrhuje, že kyselé deště mohly oslabit vrstvu břidlice, která oddělovala horninové vrstvy obsahující vodonosnou vrstvu nahoře od horninových vrstev obsahujících důl dole, což způsobilo sesunutí velké masy horniny ze svahu hory a usmrcení 74 lidí.
.