Abschaffung des Feudalismus
Die Meiji-Reformer begannen mit Maßnahmen, die sich gegen die dezentralisierte Feudalstruktur richteten, der sie die Schwäche Japans zuschrieben. 1869 wurden die Fürsten von Satsuma, Chōshū, Tosa und Saga dazu gebracht, ihre Ländereien an den Thron zurückzugeben. Andere folgten diesem Beispiel schnell. Der Hof unternahm Schritte, um die Verwaltung der Domänen zu vereinheitlichen, und ernannte ihre ehemaligen Daimyo zu Gouverneuren. 1871 wurden die Gouverneur-Daimyo nach Tokio berufen und darüber informiert, dass die Domänen offiziell abgeschafft waren. Aus den 250 ehemaligen Domänen wurden 72 Präfekturen und drei Großstadtbezirke, deren Zahl später um ein Drittel reduziert wurde. Dabei wurden die meisten Daimyo aus der Verwaltung entlassen, und obwohl sie 1884 mit Titeln eines neuen, europäisch geprägten Adelsstandes belohnt wurden, waren sie de facto von der politischen Macht entfernt.
Die Meiji-Führer erkannten auch, dass sie das komplexe Klassensystem, das im Feudalismus bestanden hatte, abschaffen mussten. Dennoch war es schwierig, mit den Samurai umzugehen, die 1868 mit ihren Angehörigen fast zwei Millionen zählten. Ab 1869 wurde die alte Hierarchie durch eine einfachere Einteilung in drei Klassen ersetzt: Hofadlige und ehemalige Feudalherren wurden zu kazoku („Gleichrangige“); ehemalige Samurai, shizoku und alle anderen (einschließlich ausgestoßener Gruppen) wurden nun zu heimin („Bürgerliche“). Die Samurai erhielten zunächst eine jährliche Rente, die jedoch aufgrund finanzieller Zwänge 1876 in pauschale Zahlungen von verzinslichen, aber nicht konvertierbaren Anleihen umgewandelt wurde. Andere symbolische Klassenunterschiede wie die Frisur der Samurai und das Privileg, Schwerter zu tragen, wurden abgeschafft.
Vielen ehemaligen Samurai fehlte es an kaufmännischer Erfahrung und sie verschleuderten ihre Anleihen. Auch die Inflation untergrub ihren Wert. Durch die 1873 eingeführte Wehrpflicht wurde den Samurai zudem das Monopol auf den Militärdienst entzogen. Die Unzufriedenheit der Samurai führte zu zahlreichen Aufständen, von denen die schwerwiegendsten im Südwesten stattfanden, wo die Restaurationsbewegung begonnen hatte und die Krieger sich die größten Belohnungen erhofften. Ein Aufstand in Chōshū drückte die Unzufriedenheit mit Verwaltungsmaßnahmen aus, die die Samurai ihres Status und ihres Einkommens beraubten. In Saga forderten die Samurai einen Krieg im Ausland, um ihrer Klasse Beschäftigung zu verschaffen. Der letzte und bei weitem größte Aufstand fand 1877 in Satsuma statt. Diese Rebellion wurde von dem Restaurationshelden Saigō Takamori angeführt und dauerte sechs Monate. Die Wehrpflichtigen der kaiserlichen Regierung hatten große Mühe, Saigō zu besiegen, doch am Ende sicherten überlegene Transportmittel, moderne Kommunikationsmittel und bessere Waffen den Sieg der Regierung. In diesem wie in den anderen Aufständen waren die Probleme lokal begrenzt, und die Loyalität der meisten Satsuma-Männer in der Zentralregierung galt weiterhin der kaiserlichen Sache.
1873 wurde mit Landvermessungen begonnen, um die Menge und den Wert des Landes auf der Grundlage der durchschnittlichen Reiserträge der letzten Jahre zu ermitteln, und es wurde eine Geldsteuer von 3 % des Landwerts eingeführt. Die gleichen Erhebungen führten zu Bescheinigungen über den Landbesitz der Bauern, die von der feudalen Kontrolle befreit wurden. Die Landmaßnahmen brachten grundlegende Veränderungen mit sich, und unter den Landwirten herrschte große Verwirrung und Unsicherheit, die sich in Form von kurzlebigen Revolten und Demonstrationen äußerte. Doch die Einführung von Privateigentum und die Maßnahmen zur Förderung neuer Technologien, Düngemittel und Saatgut führten zu einem Anstieg der landwirtschaftlichen Produktion. Die Grundsteuer, die durch gedrucktes Geld ergänzt wurde, wurde für mehrere Jahrzehnte zur Haupteinnahmequelle des Staates.
Obwohl die Regierung unter Geldmangel litt, leitete sie ein Programm zur Industrialisierung ein, das als wesentlich für die nationale Stärke angesehen wurde. Abgesehen von der Rüstungsindustrie und der strategischen Kommunikation lag dieses Programm weitgehend in privater Hand, auch wenn die Regierung Pilotanlagen einrichtete, um Anreize zu schaffen. Handel und Produktion profitierten von einem wachsenden nationalen Markt und der Rechtssicherheit, aber die ungleichen Verträge mit ausländischen Mächten machten es bis 1911 unmöglich, die Industrien durch Zölle zu schützen.
In den 1880er Jahren veranlasste die Angst vor einer übermäßigen Inflation die Regierung, ihre verbliebenen Anlagen an private Investoren zu verkaufen – in der Regel Personen, die den Machthabern nahe standen. Infolgedessen beherrschte eine kleine Gruppe von Männern viele Branchen. Gemeinsam wurden sie als die zaibatsu, die Finanzcliquen, bekannt. Dank der großen Möglichkeiten und der geringen Konkurrenz beherrschten die zaibatsu-Firmen ein Unternehmen nach dem anderen. Da sie eine ähnliche Vision für das Land hatten, unterhielten diese Männer enge Beziehungen zur Regierungsführung. Das Haus Mitsui zum Beispiel war mit vielen der Meiji-Oligarchen befreundet, und das Haus Mitsubishi wurde von einem Samurai aus Tosa gegründet, der ein Mitarbeiter des inneren Kreises der Regierung gewesen war.
Ebenso wichtig für den Aufbau eines modernen Staates war die Entwicklung einer nationalen Identität. Echte nationale Einheit erforderte die Propagierung neuer Loyalitäten in der Bevölkerung und die Umwandlung der machtlosen und unartikulierten Bauern in Bürger eines zentralisierten Staates. Der Einsatz von Religion und Ideologie war für diesen Prozess von entscheidender Bedeutung. Die frühe Meiji-Politik erhob daher den Shintō zur höchsten Position in der neuen religiösen Hierarchie und ersetzte den Buddhismus durch einen Kult nationaler Gottheiten, die den Thron unterstützten. Das Christentum wurde 1873 widerstrebend legalisiert, aber obwohl es für einige Intellektuelle wichtig war, wurde es von vielen in der Regierung mit Misstrauen betrachtet. Die Herausforderung bestand darin, die traditionellen Werte zu nutzen, ohne zu riskieren, dass die Regierung den Japanern eine Staatsreligion aufzwang, wie das Ausland behauptete. In den 1890er Jahren bot das Bildungssystem das ideale Mittel, um die neue ideologische Ausrichtung zu vermitteln. Im Jahr 1872 war ein allgemeines Bildungssystem angekündigt worden. Eine Zeit lang waren Organisation und Philosophie westlich geprägt, doch in den 1880er Jahren wurde ein neuer Schwerpunkt auf die Ethik gelegt, als die Regierung versuchte, einer übermäßigen Verwestlichung entgegenzuwirken, und sich an europäischen Ideen zur nationalistischen Erziehung orientierte. 1890 legte das kaiserliche Erziehungsreskript (Kyōiku Chokugo) die Linien der konfuzianischen und Shintō-Ideologie fest, die den moralischen Inhalt der späteren japanischen Erziehung ausmachten. So wurde die Loyalität gegenüber dem Kaiser, der mit konfuzianischen Lehren und Shintō-Verehrung umhüllt war, zum Zentrum der Ideologie eines Bürgers. Um den Vorwurf der Indoktrination zu vermeiden, unterschied der Staat zwischen diesem säkularen Kult und der eigentlichen Religion und erlaubte „Religionsfreiheit“, verlangte aber eine Form der Anbetung als patriotische Pflicht aller Japaner. Das Bildungssystem wurde auch genutzt, um das Ideal der Samurai-Loyalität, das das Erbe der herrschenden Klasse war, in die breite Bevölkerung zu projizieren.