Es gibt keine Gewissheit über die Ursache dieser Erkrankung, aber die Bakterienart Staphylococcus aureus spielt eine zentrale Rolle und kann in den Läsionen der meisten Patienten nachgewiesen werden. Es ist unklar, ob ein anderer, primär steriler Prozess mit sekundärer Besiedlung durch Staphylococcus aureus vorliegt oder ob Staphylococcus aureus den Prozess auslöst, indem er eine starke Immunreaktion verursacht. Eine andere Möglichkeit ist, dass Staphylococcus aureus Toxine produziert, die als Superantigene wirken und die T-Zellen direkt über die variable Domäne der T-Zell-Rezeptoren aktivieren. Dennoch findet sich Staphylococcus aureus bei fast allen Patienten, die von dieser Erkrankung betroffen sind, während er bei nur 20-30% der Nicht-Betroffenen nachgewiesen wird.
Da Staphylococcus aureus nicht immer bei Menschen gefunden wird, die an Folliculitis decalvans leiden, müssen andere Faktoren vorhanden sein. Durch Untersuchungen in Familien wurde festgestellt, dass es einen familiären Zusammenhang mit dem Auftreten gibt, was auf eine genetische Veranlagung schließen lässt; so könnte bei Patienten mit Folliculitis decalvans eine erblich bedingte unterschiedliche Öffnung des Haarfollikels vorliegen, die das Einnisten der Bakterien erleichtern könnte. Immunologisch gesehen besteht eine weitere Möglichkeit darin, dass das besonders starke interzelluläre Fixierungsprotein ICAM-1 mit seiner starken Anziehungskraft auf weiße Blutkörperchen wie Granulozyten und Lymphozyten zur Entzündung beiträgt.