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Die Geschichte des Great Barrier Reefs ist eine lange und abwechslungsreiche, in der viele Generationen von Korallen einen Lebensraum geschaffen haben, der schließlich vom Menschen entdeckt und später besiedelt wurde.

Das Great Barrier Reef ist eine extrem alte, riesige Ansammlung von Lebewesen, die aus lebenden Korallen besteht, die auf toten Korallen wachsen, die vielleicht zwanzig Millionen Jahre alt sind. Viele Generationen toter Korallen haben sich zu großen Steinwänden aufgetürmt, die mit einer Vielzahl lebender Organismen wie Korallen, Algen, Anemonen, Schwämmen, Fischen, Würmern, Seesternen, Schildkröten, Weichtieren, Schlangen, Krustentieren und einer außergewöhnlichen Anzahl von Tausenden von Pflanzen- und Tierarten bedeckt sind.

Obwohl es keine direkten physischen Beweise gibt, muss der erste menschliche Kontakt mit dem Riff schon seit einiger Zeit stattgefunden haben. Wir wissen, dass die Aborigines große Teile des australischen Kontinents seit etwa 40.000 Jahren besiedelt haben. Aborigines und Torres-Strait-Insulaner haben in den Gewässern des Riffs gefischt und gejagt und sind zwischen den Inseln der Riffregion navigiert.

Weite Teile dieser Zeit, während der Eiszeiten, war das Gebiet des Great Barrier Reefs trocken mit großen flachen Küstenebenen. Dieses Gebiet liegt heute weniger als hundert Meter unter dem Meeresspiegel.

Über die Aktivitäten der frühen Europäer, die mit der Ostküste Australiens in Kontakt kamen, liegen weitere Informationen vor. Fast von Anfang an gibt es schriftliche Beschreibungen des Great Barrier Reefs von denen, die es gesehen haben. Nord-Queensland war wahrscheinlich der erste Teil des Kontinents, den die Europäer sahen, aber einer der letzten, der besiedelt wurde.

Es wird heute allgemein angenommen, dass die Ostküste Australiens erstmals um 1522 von einer portugiesischen Expedition gesichtet wurde, die wahrscheinlich von Cristovao de Mendonca geleitet wurde. Willem Jansz kartographierte etwa im März 1606 mit der Duyfken die Westküste der Cape York Peninsula und leitete damit die vierzigjährige Erforschung der australischen Gewässer durch die Niederländer ein. Später sichtete Luis de Torres die Inseln der Torres Strait, als er von Osten nach Westen entlang der Südküste Papuas segelte.

Die frühesten dokumentierten Belege für die Sichtung des Great Barrier Reefs durch Europäer stammen aus Frankreich. Als Kommandant der Schiffe La Boudeuse und L’Etoile näherte sich Louis de Bougainville am 6. Juni 1768 Australien von Osten her und stieß dabei auf das Bougainville-Riff in der Nähe von Cooktown. Wegen der rauen Brandung im offenen Ozean und wegen Nahrungsmangels wandte sich die Bougainville entlang der Nordküste Neuguineas nach Norden in Richtung Asien und verfehlte Australien.

Diese frühen flüchtigen Blicke auf das Great Barrier Reef in der Frühgeschichte der Region waren nur geringfügig im Vergleich zu dem, was sich von Mai bis August 1770 ereignete, als die Endeavour unter James Cook das Great Barrier Reef in seiner ganzen Länge umsegelte. Der größte Teil der Reise fand in Küstennähe statt, so dass er wahrscheinlich nur wenig vom Riff sah. Am 11. Juni machte Cooks Gruppe jedoch eine eingehende Bekanntschaft mit dem Riff, als sie nördlich von Cape Tribulation auf das Endeavour Reef stieß und gezwungen war, sechs Wochen lang das Schiff an Land an der Stelle des heutigen Cooktown zu reparieren.

Aufgrund dieser unerwarteten Notlage konnten Cook und seine Wissenschaftler, die Botaniker Joseph Banks und Daniel Solander sowie ein Stab von vier Zeichnern, nur sehr wenige direkte wissenschaftliche Beobachtungen des Riffs durchführen, aber als Ergebnis von Cooks Reise wusste die internationale wissenschaftliche Gemeinschaft, dass das Riff existierte und dass es von sehr großer Ausdehnung war.

Nachdem alle Reparaturen abgeschlossen waren, beschloss Cook, es auf dem offenen Meer zu versuchen, konnte aber keinen Weg durch die natürliche Barriere finden. Er segelte nach Norden zur Eidechseninsel. Als er auf der Insel landete, kletterten er und sein Botaniker Joseph Banks auf den höchsten Punkt der Insel und konnten eine Lücke im Riff ausmachen, die groß genug war, um die Durchfahrt der Endeavour zu ermöglichen. Dies ist als Cooks Passage bekannt.

William Bligh war der nächste Seefahrer in der frühen Geschichte Australiens, der das Riff in der Providence kartierte. Auf seiner Reise von Tahiti zu den Westindischen Inseln verbrachte er zwei Wochen im September 1792 damit, die Torres Strait zu durchqueren. Nach der Gründung der Strafkolonie Sydney im Jahr 1788 hing die Suche nach einer zuverlässigen Route durch die Meerenge nach Westen zur Arafura-See und die Herstellung der Kommunikation mit Asien von der inneren Passage westlich des Riffs ab.

Im Jahr 1793 unternahmen die Kapitäne Bampton und Alt mit den Schiffen Hormuzeer und Chesterfield weitere Vermessungen des Torres-Strait-Abschnitts des Riffs. Die nächsten Jahrzehnte waren geprägt von Vermessungsarbeiten in den nordaustralischen Gewässern, die meist von kleinen Marineschiffen durchgeführt wurden. Ziel dieser Vermessungen war es, die Seekarten für die Admiralität zu verbessern, die natürlichen Ressourcen für eine künftige wirtschaftliche Nutzung zu erforschen und wissenschaftliche Fragen zu beantworten.

Zwischen 1801 und 1803 unternahm Matthew Flinders die monumentale Aufgabe, die gesamte australische Küste zu vermessen, und einmal ging er sogar über das, was er die „Extensive Barrier Reefs“ nannte. Flinders war es auch, der eine sichere Durchfahrt kartografierte, indem er kleine Boote vorausschickte, um die Tiefen zu sondieren. Diese Passage ist immer noch als Flinders Passage bekannt.

Der Hydrograf Philip Parker King, der 1819 die Mermaid und 1820 die Bathurst kommandierte, führte die methodische Aufgabe fort, einen Großteil des nördlichen Riffs erstmals genau zu kartieren.

Heute werden Studien auf einer viel genaueren Ebene durchgeführt, um den Aufbau des Riffs zu untersuchen, welche Arten es gibt, wie sie leben und interagieren und ob sie widerstandsfähig oder anfällig für Veränderungen sind. Es gibt jedoch immer noch Beweise für eine frühere Periode der Entdeckung des Great Barrier Reefs, mit etwa 30 Schiffswracks von historischer Bedeutung, die bekannt sind.