Der Marion-See wurde im November 1941 durch den Bau des Santee-Damms geschaffen, der Teil des Wasserkraft- und Schifffahrtsprojekts des staatlichen Strom- und Wasserversorgungsunternehmens Santee Cooper war. Das Projekt umfasste auch den Bau des Pinopolis-Damms (Cooper River Dam), um den unmittelbar flussabwärts gelegenen Moultrie-See zu schaffen, sowie einen siebeneinhalb Meilen langen Umleitungskanal, der die beiden Seen miteinander verband. Dies war eines der Infrastrukturprojekte, die Präsident Franklin D. Roosevelt während der Großen Depression unterstützte, um Arbeitsplätze zu schaffen und in die Zukunft zu investieren.
Der Damm bei Wilson’s Landing ist acht Meilen lang und hat 62 Tainter-Tore. Trotz seiner Größe erzeugt der Santee-Damm nur 1,92 Megawatt an Wasserkraft. Die Wasserkraftanlagen am Pinopolis-Damm sollten nach dem ursprünglichen Plan den Löwenanteil der Energie erzeugen: Sie haben eine Leistung von etwa 128 Megawatt. Im Jahr 1985 errichtete das United States Army Corps of Engineers im Rahmen einer groß angelegten Umleitung und Neugestaltung die Wasserkraftanlage St. Stephen Dam, um die verlorene Erzeugungskapazität von weiteren 84 Megawatt zurückzugewinnen.
Der Marion-See wird von vielen Nebenflüssen gespeist, darunter der Wyboo Creek und der Santee River, sowie von zahlreichen Quellen, darunter Eutaw Springs. Der See ist nach dem amerikanischen Revolutionskriegsgeneral Francis Marion benannt, der in der Legende als „Swamp Fox“ bekannt ist. Sein ehemaliges Haus in Pond Bluff war eines der Häuser, die bei der Entstehung des Sees überflutet wurden.