Die Commission on Special Ministries (CSM) hat ein Programm zur Zertifizierung von Kaplänen eingerichtet. Dieses Programm wurde ins Leben gerufen, weil viele Einrichtungen des Gesundheitswesens, Gefängnisse und Militärstützpunkte ihre Anforderungen für den Dienst in ihren Einrichtungen verschärfen, insbesondere wenn der Pfarrer oder Laie Nichtmitglieder erreichen will.
Das Zertifizierungsprogramm für Kapläne ist für die Durchführung des Programms verantwortlich. Die Zertifizierung als Kaplan bedeutet, dass der Antragsteller alle schulischen und klinischen Anforderungen für die Zertifizierung erfüllt hat.
Für die Zertifizierung bietet die Commission on Special Ministries eine Ausbildung durch das Chaplain Certification Program an. Die Kurse können online oder über das Martin Luther College absolviert werden. Einige Anforderungen können durch frühere Kurse und/oder durch die Anrechnung von Erfahrungswissen erfüllt werden. Studierende, die die Zertifizierung als Kaplan anstreben, können sich spezialisieren, indem sie einen von zwei Wahlkursen belegen, von denen sich einer mit den besonderen Anforderungen an die Gefängnis- und Gefängnisseelsorge und der andere mit der Militärseelsorge befasst.
Für bestimmte Seelsorgetätigkeiten kann eine Institution mindestens eine Einheit Clinical Pastoral Education (CPE) an einer anerkannten Institution verlangen. CPE bietet eine gewisse praktische klinische Erfahrung. Solche Programme werden in der Regel von Krankenhäusern oder anderen Einrichtungen des Gesundheitswesens angeboten.
Das Zertifizierungsprogramm für Seelsorger wird vom Martin Luther College unter der Leitung von WELS Special Ministries angeboten. Auf der MLC Chaplaincy Website werden auch häufig gestellte Fragen zum Chaplain Certification Program beantwortet.