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Nicht zu verwechseln mit einem Double Merle, sind die Cryptic Merle oder „Phantom Merle“, wie sie genannt werden, ein Joker unter den Würfen. In seltenen Fällen können Cryptic Merles in einem Wurf jeglicher Abstammung mit dem Merle-Gen geboren werden. Cryptic Merles sind eine Mutation des Merle-Gens und sehen aus wie ein Tri Black oder Tri Red, können aber überschüssige weiße Flecken auf dem Körper und Spritzer von Merle haben.
Sie tragen den Spitznamen Phantom Merle, weil in einigen Fällen keine offensichtliche Merle-Färbung zu erkennen ist und sie mit einem Tri farbigen Aussie verwechselt werden könnten. Andere Cryptic Merles sind leicht an einem Überschuss an Weiß oder größeren Merle-Flecken auf dem Fell zu erkennen.
Die kryptische Merle-Färbung entsteht durch das Merle-Gen namens SINE (Short Interspeed Nucleotide Element). Dieses Gen macht das Merle-Fell so vielseitig und einzigartig. Die Länge des SINE-Gens bei einem Hund bestimmt, wie klein oder groß die dunklen Flecken auf dem Merle-Fell sein werden.
Wenn ein Cryptic Merle mit einem anderen Merle verpaart wird, werden sie sowohl Tri, als auch Merle Welpen produzieren. Es besteht jedoch eine 3 %ige Chance, dass sie Doppel-Merle produzieren und die damit verbundenen Risiken von Taubheit und Blindheit, und deshalb wird auch von der Verpaarung von Cryptic Merles abgeraten.
Je länger das SINE-Gen in einem Hund ist, desto mehr Merle werden Sie sehen. Je kürzer das SINE-Gen in einem Hund ist, desto weniger Merle ist zu sehen und desto mehr sieht er aus wie ein Tri, wie auf den Fotos unten von links nach rechts zu sehen ist.