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Este artículo aborda la evidencia bioarqueológica de la guerra inca a través de un análisis de 454 esqueletos adultos de 11 sitios en la región de la capital inca de Cuzco, Perú. Estos 11 sitios abarcan casi 1000 años (600-1532 d.C.), lo que permite comparar las evidencias de guerra antes de que los incas llegaran al poder (Horizonte Medio 600-1000 d.C.), durante la época de ascenso incaico en el Período Intermedio Tardío (1000-1400 d.C.), y después de que los incas llegaran al poder y se expandieran por la región del Cuzco y más allá (Período Imperial Inca, 1400-1532 d.C.). Los resultados indican que 100 de 454 adultos (22,0%) mostraron evidencias de traumatismo craneal. De ellos, 23 individuos tenían lesiones craneales importantes que sugerían una guerra, consistentes en fracturas grandes, completas y/o perimortem. Hubo poca evidencia de lesiones mayores durante el Horizonte Medio (2.8%, 1/36) y el Período Intermedio Tardío (2.5%, 5/199), sugiriendo que la guerra no era prevalente en la región del Cuzco antes y durante el ascenso del Inca al poder. Sólo en el periodo imperial inca se produjo un aumento significativo de las lesiones importantes que sugieren una guerra (7,8%, 17/219). A pesar del aumento significativo en tiempos de los Incas, la evidencia de lesiones craneales mayores sólo se distribuyó esporádicamente en los sitios de la periferia del Cuzco y estuvo totalmente ausente en los sitios del núcleo del Cuzco. Estos hallazgos sugieren que, si bien los incas utilizaron la guerra como mecanismo de expansión en la región del Cuzco, ésta fue sólo una parte de una compleja estrategia de expansión que incluía medios económicos, políticos e ideológicos para ganar y mantener el control.