No hay certeza sobre la causa de este trastorno, pero la especie bacteriana Staphylococcus aureus tiene un papel central y puede detectarse en las lesiones de la mayoría de los pacientes. No está claro si existe otro proceso principalmente estéril con colonización secundaria por Staphylococcus aureus, o si el Staphylococcus aureus inicia el proceso provocando una fuerte reacción inmunitaria. Otra posibilidad es que el Staphylococcus aureus produzca toxinas que actúen como superantígenos que activen directamente las células T sobre el dominio variable de los receptores de células T. No obstante, el Staphylococcus aureus puede encontrarse en casi todos los pacientes afectados por este trastorno, mientras que sólo se detecta en el 20-30% de las personas no afectadas.
Como el Staphylococcus aureus no siempre se encuentra en las personas que padecen foliculitis decalvante, deben estar presentes otros factores. A través de exámenes en familias se encontró que hay una conexión familiar con las apariciones, lo que lleva a la conclusión de que hay una predisposición genética para ello; por ejemplo, los pacientes con foliculitis decalvante podrían tener una apertura hereditaria diferente del folículo piloso que podría facilitar el alojamiento de la bacteria. Desde el punto de vista inmunológico, otra posibilidad es que la proteína de fijación intercelular ICAM-1, especialmente fuerte, contribuya a la inflamación con su fuerte efecto de atracción de los glóbulos blancos, como los granulocitos y los linfocitos.