À ne pas confondre avec un Double Merle, les Merle cryptiques ou  » Merle fantômes  » comme ils sont surnommés, sont un joker parmi les portées. En de rares occasions, des Merle cryptiques peuvent naître dans une portée de n’importe quel parent ayant le gène Merle. Les Cryptic Merles sont une mutation du gène Merle et ressemblent à un Tri black, ou Tri red mais peuvent avoir des taches excessives de blanc sur le corps, et des éclaboussures de merle.
Ils sont surnommés les Phantom Merle parce que dans certains cas, il peut n’y avoir aucune coloration merle apparente détectée et pourrait être confondu avec un Aussie de couleur Tri. D’autres Merles cryptiques peuvent être facilement remarqués pour l’excès de blanc ou de plus grandes taches de Merle sur la robe.
La coloration Merle cryptique provient du gène Merle appelé SINE (Short Interspeed Nucleotide Element). Ce gène est ce qui rend la robe Merle si versatile et unique. La longueur du gène SINE chez un chien déterminera la taille des taches ou des plaques sombres sur le pelage Merle.
Si un Merle cryptique est accouplé à un autre Merle, ils produiront à la fois des chiots Tri, et Merle. Il y a cependant 3% de chance qu’ils produisent des Merle doubles et les risques associés de surdité et de cécité, et donc, les Merle cryptiques sont également découragés de se reproduire.
Plus le gène SINE est long chez un chien, plus vous verrez de merle. Alors que plus le gène SINE est court chez un chien, le merle sera moins apparent et commencera à ressembler davantage à un Tri, comme on le voit sur les photos ci-dessous de gauche à droite.

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