Les analogues de prostaglandine tels que le misoprostol sont utilisés dans le traitement des ulcères duodénaux et gastriques. Le misoprostol et d’autres analogues de la prostaglandine protègent la muqueuse du tube digestif contre l’acide gastrique nocif et sont particulièrement indiqués pour les personnes âgées qui prennent des doses continues d’AINS.
Dans le domaine de l’ophtalmologie, les médicaments de cette classe sont utilisés pour abaisser la pression intraoculaire (PIO) chez les personnes atteintes de glaucome. Jusqu’à la fin des années 1970, on pensait que les prostaglandines augmentaient la PIO, mais un article publié en 1977 a montré que la prostaglandine F2α l’abaissait, et des études ultérieures ont montré que cela était dû à l’augmentation de l’écoulement de l’humeur aqueuse, principalement en relaxant le muscle ciliaire, et peut-être aussi à des modifications de la matrice extracellulaire et à l’élargissement des espaces dans le maillage trabéculaire. Ces travaux ont conduit au développement de prodrogues du PGF2α, dont le latanoprost, un analogue isopropylique du PGF2α, approuvé par la FDA en 1996, le bimatoprost et le travoprost, tous deux approuvés en 2001, et le tafluprost, approuvé en 2012. Cependant, des effets secondaires notables sont associés à leur utilisation, notamment une augmentation de la croissance des cils, une pigmentation de l’iris et un assombrissement de la peau autour de l’œil.