Charles Darwin est né le 12 février 1809. Les relations de son père et son emploi bien rémunéré en tant que médecin, ainsi que les relations de sa mère avec la famille Wedgwood, ont placé la famille Darwin dans le royaume des libéraux et des nantis. Robert Darwin avait quarante-trois ans au moment de la naissance de Charles, au sommet de sa réputation et de son énergie en tant que médecin. Charles a déjà quatre frères et sœurs plus âgés : Marianne, Caroline, Susan et son frère Erasmus. Avec la scarlatine et d’autres maladies dans l’air, la préoccupation majeure de la maison était la santé et la croissance des enfants. Susannah s’occupe de la maison, des enfants et des finances, tandis que Robert s’occupe de ses patients.
Charles passe ses premières années dans une maison appelée The Mount à Shrewsbury, que Robert avait fait construire dans les premières années de son mariage avec Susannah. Il semble avoir été un enfant calme et solitaire ; il n’avait pas de grandes difficultés à se faire des amis, mais ses meilleurs moments étaient consacrés à des promenades exploratoires, au cours desquelles il ramassait tout ce qu’il pouvait trouver.
La mère de Charles est morte alors qu’il n’avait que 8 ans. En 1817, elle a commencé à tomber malade, avec des symptômes gastro-intestinaux qui étaient probablement le signe d’un ulcère sévère ou d’un cancer de l’estomac. Elle meurt le jeudi 15 juillet 1817. Robert se consacre encore plus qu’avant à sa pratique médicale, laissant le ménage à ses filles aînées Marianne et Caroline.Robert avait toujours été une énorme présence dans la maison lorsqu’il revenait du travail à la fin de la journée, mais cela avait été tolérable tant que son humeur était bonne. Maintenant, cependant, il est presque toujours irritable et déprimé. La maison restait confortable et bien entretenue, mais lugubre. Dans des descriptions ultérieures de son enfance, Charles écrit qu’il se souvient très peu de sa mère, d’autant plus que ses sœurs lui interdisent de parler d’elle.
Charles considérait ses sœurs comme des professeurs. L’école pour Darwin n’a jamais été une chose joyeuse. Il a d’abord été éduqué par Caroline, puis a passé un an dans une école de jour à Shrewsbury. À l’âge de 8 ans, il est envoyé à la Shrewsbury School, à environ 1,5 km de TheMount, un pensionnat dirigé par l’aîné Samuel Butler qui se concentre presque exclusivement sur les classiques, une matière que Darwin trouve presque inutile. Vers la fin de sa scolarité, il compense quelque peu ses résultats médiocres en menant des expériences avec son frère aîné Erasmus dans un hangar à l’arrière de The Mount. Ils mènent des expériences de 1822 jusqu’à ce qu’Erasmus parte pour Christ’s College, à l’université de Cambridge, pour étudier la médecine. Darwin se souviendra plus tard de cette expérience comme d’une introduction inestimable à l’expérimentation scientifique.
A mesure que Darwin grandit, la collection devient son principal passe-temps : il collectionne les minéraux et les insectes. Il observe également les oiseaux et aime la chasse. Plus tard, pendant ses années d’Édimbourg, sa passion pour la chasse devient si grande que son père craint qu’il ne devienne un « chasseur oisif ». Après avoir tué sa première bécassine, il écrit « mon excitation était si grande que j’avais beaucoup de mal à recharger mon fusil à cause du tremblement de mes mains ». La chasse combine les joies de la collection avec le frisson de la poursuite. C’est une compétence qui lui sera utile plus tard dans la vie. Les longues promenades solitaires de Charles se sont transformées en aventures encore plus longues. Il voyagea un peu avec son frère aîné Erasmus, au Pays de Galles et en visite chez les cousins Wedgwood à Maer.
À l’âge de seize ans, Charles fut pris à part par son père Robert qui lui dit qu’il était temps pour lui de faire quelque chose de lui-même. Il ira à l’université d’Edimbourg, où son père et son grand-père avaient été formés pour devenir médecins. Son frère Erasmus, qui avait étudié la médecine à l’université de Cambridge, l’y rejoindra.