Il n’y a aucune certitude sur la cause de ce trouble, mais l’espèce bactérienne Staphylococcus aureus a un rôle central et peut être détectée dans les lésions de la plupart des patients. On ne sait pas si un autre processus principalement stérile avec une colonisation secondaire par Staphylococcus aureus est présent, ou si Staphylococcus aureus déclenche le processus en provoquant une forte réaction immunitaire. Une autre possibilité est que Staphylococcus aureus produise des toxines qui agissent comme des superantigènes qui activent directement les lymphocytes T par le biais du domaine variable des récepteurs des lymphocytes T. Néanmoins, le staphylocoque doré est présent chez presque tous les patients atteints de cette maladie, alors qu’il n’est détecté que chez 20 à 30 % des personnes non atteintes.
Comme le staphylocoque doré n’est pas toujours présent chez les personnes qui souffrent de folliculite décalvante, d’autres facteurs doivent être présents. Par exemple, les patients atteints de folliculite décalvante pourraient avoir une ouverture différente héréditaire du follicule pileux qui pourrait faciliter le logement de la bactérie. Sur le plan immunologique, une autre possibilité est que la protéine de fixation intercellulaire ICAM-1, particulièrement forte, contribue à l’inflammation par son fort effet d’attraction des globules blancs tels que les granulocytes et les lymphocytes.