Le lac Marion a été créé par la construction du barrage de Santee en novembre 1941, dans le cadre du projet hydroélectrique et de navigation de la compagnie d’électricité et d’eau d’État Santee Cooper. Le projet comprenait également la construction du barrage de Pinopolis (barrage de la rivière Cooper) pour créer le lac Moultrie, immédiatement en aval, et un canal de dérivation de 11,5 km de long pour relier les deux. C’était l’un des projets d’infrastructure soutenus par le président Franklin D. Roosevelt pendant la Grande Dépression pour fournir des emplois et investir dans l’avenir.
Le barrage de Wilson’s Landing mesure huit miles de long et comporte 62 vannes Tainter. Malgré sa taille, le barrage de Santee ne produit que 1,92 mégawatt d’énergie hydroélectrique. Les installations hydroélectriques du barrage de Pinopolis ont été conçues pour produire la part du lion de l’énergie dans le cadre du projet initial : il produit environ 128 mégawatts. En 1985, dans le cadre d’un détournement et d’un réaménagement à grande échelle, le Corps des ingénieurs de l’armée américaine a installé l’installation hydroélectrique du barrage de St. Stephen pour récupérer la capacité de production perdue de 84 mégawatts supplémentaires.
Le lac Marion est alimenté par de nombreux affluents, dont le ruisseau Wyboo et la rivière Santee, et également par de nombreuses sources, dont les sources Eutaw. Le lac porte le nom du général de la guerre d’indépendance américaine Francis Marion, connu légendairement sous le nom de « Swamp Fox ». Son ancienne maison de Pond Bluff était l’une de celles qui ont été inondées lors de la création du lac.