La abolición del feudalismo
Los reformadores de Meiji comenzaron con medidas que abordaban la estructura feudal descentralizada a la que atribuían la debilidad de Japón. En 1869 se persuadió a los señores de Satsuma, Chōshū, Tosa y Saga para que devolvieran sus tierras al trono. Otros siguieron rápidamente su ejemplo. La corte tomó medidas para normalizar la administración de los dominios, nombrando a sus antiguos daimyo como gobernadores. En 1871 los gobernadores-daimyo fueron convocados a Tokio y se les comunicó que los dominios quedaban oficialmente abolidos. Los 250 antiguos dominios se convirtieron en 72 prefecturas y tres distritos metropolitanos, número que se redujo posteriormente en un tercio. En el proceso, la mayoría de los daimyo fueron retirados de sus funciones administrativas y, aunque se les recompensó con títulos en un nuevo peerage de estilo europeo en 1884, se les retiró efectivamente del poder político.
Los líderes de Meiji también se dieron cuenta de que tenían que acabar con el complejo sistema de clases que había existido bajo el feudalismo. Sin embargo, era difícil lidiar con los samuráis, que sumaban, con sus dependientes, casi dos millones en 1868. A partir de 1869, la antigua jerarquía fue sustituida por una división más sencilla que establecía tres órdenes: los nobles de la corte y los antiguos señores feudales se convirtieron en kazoku («pares»); los antiguos samuráis, los shizoku y todos los demás (incluidos los grupos de parias) pasaron a ser heimin («plebeyos»). Al principio, los samuráis recibían pensiones anuales, pero la presión financiera obligó a convertirlas en pagos globales de bonos con intereses pero no convertibles en 1876. Otras distinciones simbólicas de clase, como el peinado de los samuráis y el privilegio de llevar espadas, fueron abolidas.
Muchos antiguos samuráis carecían de experiencia comercial y malgastaron sus bonos. La inflación también redujo su valor. Un sistema de reclutamiento nacional instituido en 1873 privó aún más a los samuráis de su monopolio en el servicio militar. El descontento de los samuráis se tradujo en numerosas revueltas, las más graves en el suroeste, donde había comenzado el movimiento de restauración y los guerreros esperaban las mayores recompensas. Un levantamiento en Chōshū expresó el descontento con las medidas administrativas que privaban a los samuráis de su estatus y sus ingresos. En Saga, los samuráis pidieron una guerra en el extranjero para dar empleo a su clase. La última revuelta, y la más importante con diferencia, se produjo en Satsuma en 1877. Esta rebelión fue liderada por el héroe de la restauración Saigō Takamori y duró seis meses. Los ejércitos de reclutas del gobierno imperial tuvieron dificultades para derrotar a Saigō, pero al final la superioridad de los transportes, las modernas comunicaciones y las mejores armas aseguraron la victoria del gobierno. En ésta, como en las otras revueltas, los problemas fueron localizados, y la lealtad de la mayoría de los hombres de Satsuma en el gobierno central permaneció con la causa imperial.
En 1873 se iniciaron encuestas sobre la tierra para determinar la cantidad y el valor de la misma basándose en el promedio de los rendimientos del arroz en los últimos años, y se estableció un impuesto monetario del 3 por ciento del valor de la tierra. Las mismas encuestas dieron lugar a certificados de propiedad de la tierra para los agricultores, que fueron liberados de los controles feudales. Las medidas sobre la tierra supusieron cambios básicos, y hubo una confusión e incertidumbre generalizadas entre los agricultores que se expresaron en forma de revueltas y manifestaciones de corta duración. Pero el establecimiento de la propiedad privada y las medidas de promoción de nuevas tecnologías, fertilizantes y semillas, produjeron un aumento de la producción agrícola. El impuesto sobre la tierra, complementado con dinero impreso, se convirtió en la principal fuente de ingresos del gobierno durante varias décadas.
A pesar de que tenía problemas de dinero, el gobierno inició un programa de industrialización, que se consideraba esencial para la fortaleza nacional. Salvo en el caso de las industrias militares y las comunicaciones estratégicas, este programa estaba en gran parte en manos privadas, aunque el gobierno estableció plantas piloto para darles impulso. El comercio y las manufacturas se beneficiaron de un mercado nacional creciente y de la seguridad jurídica, pero los tratados desiguales promulgados con las potencias extranjeras impidieron proteger las industrias con aranceles hasta 1911.
En la década de 1880, el temor a una inflación excesiva llevó al gobierno a vender las plantas que le quedaban a inversores privados -generalmente individuos con vínculos estrechos con los gobernantes-. Como resultado, un pequeño grupo de hombres llegó a dominar muchas industrias. Colectivamente se les conoció como los zaibatsu, o camarillas financieras. Con grandes oportunidades y pocos competidores, las empresas zaibatsu llegaron a dominar empresa tras empresa. Compartiendo una visión similar del país, estos hombres mantuvieron estrechos vínculos con los dirigentes del gobierno. La Casa de Mitsui, por ejemplo, mantenía relaciones amistosas con muchos de los oligarcas Meiji, y la de Mitsubishi fue fundada por un samurái de Tosa que había sido socio de los integrantes del círculo íntimo del gobierno.
También era importante para la construcción de un estado moderno el desarrollo de la identidad nacional. La verdadera unidad nacional requería la propagación de nuevas lealtades entre la población en general y la transformación de los campesinos impotentes e inarticulados en ciudadanos de un estado centralizado. El uso de la religión y la ideología era vital para este proceso. La política Meiji temprana, por tanto, elevó el Shintō a la posición más alta en la nueva jerarquía religiosa, sustituyendo el budismo por un culto a las deidades nacionales que apoyaban al trono. El cristianismo fue legalizado a regañadientes en 1873, pero, aunque era importante para algunos intelectuales, fue tratado con recelo por muchos en el gobierno. El reto seguía siendo cómo utilizar los valores tradicionales sin arriesgarse a que el gobierno condenara a los japoneses por imponerles una religión estatal. En la década de 1890, el sistema educativo era el vehículo ideal para inculcar la nueva orientación ideológica. En 1872 se había anunciado un sistema de educación universal. Durante un tiempo su organización y filosofía fueron occidentales, pero durante la década de 1880 surgió un nuevo énfasis en la ética, ya que el gobierno intentó contrarrestar la excesiva occidentalización y siguió las ideas europeas sobre la educación nacionalista. En 1890, el Rescripto Imperial sobre Educación (Kyōiku Chokugo) trazó las líneas de la ideología confuciana y del Shintō, que constituyeron el contenido moral de la educación japonesa posterior. Así, la lealtad al emperador, que estaba rodeada de enseñanzas confucianas y reverencia Shintō, se convirtió en el centro de la ideología de un ciudadano. Para evitar las acusaciones de adoctrinamiento, el Estado distinguía entre este culto secular y la religión real, permitiendo la «libertad religiosa» mientras exigía una forma de culto como deber patriótico de todos los japoneses. El sistema educativo también se utilizó para proyectar en la ciudadanía en general el ideal de lealtad samurái que había sido la herencia de la clase dirigente.