Amygdala-komplekset har længe været kendt som en del af det neurale kredsløb, der er afgørende for følelser. Ud over dens rolle i følelsesmæssig reaktivitet viser undersøgelser af dyremodeller og patienter med amygdala-skader dens betydning i følelsesmæssig læring, hvorved signaler får betydning gennem associering med belønnende eller aversive begivenheder. Selv om dens funktion i forbindelse med associativ indlæring er blevet veletableret, har anden nyere forskning fremskyndet den opfattelse, at amygdala regulerer andre kognitive processer som f.eks. hukommelse eller opmærksomhed. For eksempel er der for nylig blevet påvist en overensstemmelse mellem amygdalaens funktion i forbindelse med modulering af hukommelse hos mennesker og forsøgsdyr. Ved hjælp af dyremodeller har man gradvist defineret kredsløbene for disse funktioner i amygdala og dens indbyrdes forbindelser med andre hjernesystemer, herunder de veje, hvorigennem amygdala modulerer hukommelsen og regulerer opmærksomheden. Disse forskellige forskningslinjer fremmer gradvist vores forståelse af amygdala’s rolle i forbindelse med at skabe forbindelser mellem affekt og kognition.