Der er ingen sikkerhed om årsagen til denne lidelse, men bakteriearten Staphylococcus aureus har en central rolle og kan påvises i læsionerne hos de fleste patienter. Det er uklart, om der er tale om en anden primært steril proces med sekundær kolonisering med Staphylococcus aureus, eller om Staphylococcus aureus starter processen ved at forårsage en stærk immunreaktion. En anden mulighed er, at Staphylococcus aureus producerer toksiner, der fungerer som superantigener, som direkte aktiverer T-cellerne over det variable domæne af T-celle receptorer. Ikke desto mindre kan Staphylococcus aureus findes hos næsten alle patienter, der er ramt af denne lidelse, mens det kun påvises hos 20-30 % af de ikke-ramte.
Da Staphylococcus aureus ikke altid findes hos personer, der lider af folliculitis decalvans, må der være andre faktorer til stede. Gennem undersøgelser i familier blev det fundet, at der er en familiær forbindelse til forekomsten, hvilket fører til den konklusion, at der er en genetisk disposition for det; for eksempel kunne patienter med folliculitis decalvans have en arvelig anderledes åbning af hårsækken, som kunne lette indlejringen af bakterierne. Immunologisk set er en anden mulighed, at især det stærke intercellulære fikseringsprotein ICAM-1 bidrager til betændelsen med sin stærke effekt af at tiltrække hvide blodlegemer som granulocytter og lymfocytter.