I modsætning til sin forgænger, Fullmetal Alchemist: Brotherhood: Brotherhood holdt sig til sine mangarødder indtil slutningen, hvilket syntes at blive mere vel modtaget af fans. I stedet for at opfinde tilfældige karakterer som Dante, tager den egentlige historie både karakterer og publikum med ind i selve centrum af labyrinten, hvor meningen med livet undergår en optrævling.
FMA: Brotherhood er en af de få fejlfrit afrundede serier gennem tiderne, hvor næsten alle løse tråde er taget hånd om. Klimakset er så eksplosivt og meningsfuldt, som man kan håbe på, men hvad sker der, efter at de gode har vundet? Hvordan ændrer de sig? Hvordan er verden opbygget igen? Her er en liste, der besvarer alle disse spørgsmål og mere til.
10 Det ultimative offer
Ed’s nederlag til far krævede betydelig hjælp, men han kunne ikke trække på nogen, da han stod over for det sidste spørgsmål: Hvad er han villig til at opgive for at bringe sin bror tilbage? Han træder ind i det hvide tomrum efter at have kastet en menneskelig transmutationscirkel og møder sandheden på dens eget område.
Edward er klar til at ofre sit liv, men han giver i stedet noget, der er langt mere centralt for hans natur: hans alkymi. Efter dette punkt vil han aldrig mere være alkymist, og han fortæller Sandheden, at dette ikke forringer hans status på nogen måde. Alphonse returneres, og Ed’s Gate forsvinder for altid.
9 Fars skæbne
Far er endnu en gang fanget mellem Sandheden og friheden, mens han er i sin virkelige form som Dværgen-i-flasken. Han forlanger hvorfor at vide, hvorfor han ikke var i stand til at trække Gud ind i sig selv, men det svar, der kommer, er ikke et svar, han ønsker at høre: “fordi du ikke troede på dig selv.”
Sandheden fortæller ham, at han ikke er andet end en tyv, og straffer ham ved at tvinge ham tilbage til den port, han engang blev kaldt ud af. Fader græder elendigt og beder den anden om at genoverveje det, da han ikke ønsker at miste sin identitet i den formløse tomhed bag Porten. Desværre for ham er reglerne for ækvivalent udveksling uforanderlige.
8 Cirkusvennerne
Yoki er en af skurkene, men kun han er arrogant nok til at tro, at han har nogen som helst indflydelse, overhovedet. Han bruger det meste af serien på at arbejde under Scar, og bliver disciplineret for at opføre sig som om han var bedre end andre mennesker. På den anden side kæmper chimærerne Darius og Heinkel for den rigtige side, især efter at Ed har reddet dem fra deres tidligere chef, Kimblee.
Samtidig er Kimblees skæbne beseglet, da Heinkel bruger sin løveform til at flå halsen ud på ham. Det er svært at forestille sig en mærkeligere gruppe af kolleger, men det lader til, at det lykkes Yoki, Darius og Heinkel at finde et job i et cirkus efter krigen, hvor de er blevet venner, på en måde.
7 General Roy Mustang
Roy Mustang har endnu ikke opgivet sine drømme om at blive Amestris Führer, uanset at han skal konkurrere med den uovervindelige Olivier Mira Armstrong. For sin andel i sejren over Homunculi bliver han forfremmet til brigadegeneral og påbegynder et af de sværeste job af alle: at skabe et udenrigshandelsnetværk mellem hans nation og Østen.
Redegør Mustang bliver faktisk general på et senere tidspunkt, og får endda et overskæg (som han kun tror, han kan trække). Som forventet forbliver hans nære ven og personlige adjudant den samme: Riza Hawkeye.
6 Alphonse lærer Alkahestry
Alphonse har fået sin gamle krop tilbage, så han skiller sin rustningsdragt ad til reservedele, som andre kan bruge, hvilket ikke rigtig er overraskende i betragtning af hans overvældende generøsitet. To år senere ses han mødes med sine venner, Zampano og Jerso, på en kaffebar, hvor han fortæller dem om sin plan om at rejse østpå.
De er nysgerrige på denne beslutning, så Alphonse uddyber, at han ønsker at lære alkahestry under Mays ledelse. De rejser alle sammen til Xing, da Jerso og Zampano håber, at alkahestrien på en eller anden måde kan bringe dem tilbage til ren menneskelig form.
5 Edward tager til Vesten
Uoverraskende nok finder Edward sin mangel på alkymistiske evner frustrerende, men i stedet for at surmule rundt i en pøl af selvmedlidenhed, indser han, at han stadig kan lære mere om det, selv om han ikke kan bruge det. Mens hans lillebror rejser mod øst, tager han mod vest, mod Xerxes’ ruiner og videre ud i verden, for at studere så meget som muligt om denne mærkelige blanding af videnskab og kunst.
Men lige inden Edward rejser af sted, frier han til Winry på sin typiske måde: ved at foreslå, at de overfører halvdelen af deres liv efter princippet om ækvivalent udveksling.
4 Kejser Ling Yao
Som aspirant til den Xingesiske trone går prins Ling fra Yao klanen på jagt efter den ene ting, der kan forhindre ham i at blive dræbt af snigmordere samt give ham eneret til tronen. Han modtager dog en de vises sten til sidst, men er så venlig at tilbyde den til Ed som betaling for at ordne Alphonses situation.
Ed nægter naturligvis, så Ling, Lan Fan og May Chang tager tilbage til Xing. Det viser sig, at han er blevet kejser nogle år i fremtiden, men ikke før han har lovet den lille May, at han altid vil beskytte hende.
3 The Rebuilding Of Ishval
Af alle de utallige karakterer i serien er det Scar, der er længst om at give slip på sin negativitet. Men i det mindste gør han det, i modsætning til visse uforbederlige skurke (Wrath). Da han står over for udsigten til ikke at have mere at gøre med sit liv, fortæller Olivier Armstrong ham, at han kan hjælpe med at gøre tingene bedre for sit eget folk.
Scar bliver en ledende figur i genopbygningen af Ishval, sammen med major Miles fra Fort Briggs og Roy Mustang. Han får en sød lille hestehale, hvilket ærligt talt er den bedst mulige forandring for denne mand.
2 Mrs. Bradley’s Dangerous Game
Når Pride er “besejret”, efterlader han et foster på størrelse med en jordnød (helt i modsætning til sine søskende, der bare… forsvinder.) I fremtiden vises han igen, men denne gang som en småbørnsudgave af Selim. Barnet husker ikke sit tidligere liv som den første Homunculus og er mere fokuseret på at hjælpe en såret fugleunge, der er faldet ud af sin rede.
Grumman besøger fru Bradley, der tager sig af sin nye søn, og advarer hende om, at ethvert tegn på mærkelig opførsel fra Selim vil få ekstreme konsekvenser. Den stakkels kvinde forsikrer ham om, at intet af den slags vil ske, men har et nervøst træk i stemmen, mens hun taler.
1 Familien Rockbell-Elric
Der er ingen tvivl om Edwards og Winrys fremtid, bortset fra at den er uløseligt vævet rundt om hinanden. De bliver begge gift, hvilket en vielsesring på Edwards venstre hånd vidner om. De får også et par børn, en dreng, der næsten ligner sin far, og en lille pige.
Familien har dog udvidet sig ud over deres to klaner, da et billede på Rockbell-Elric-stuevæggen viser, at Paninya, Garfiel og May Chang nærmest er blevet æresmedlemmer af husstanden.