Lake Marion blev skabt ved opførelsen af Santee-dæmningen i november 1941, som var en del af det statsejede el- og vandforsyningsselskab Santee Coopers hydroelektriske projekt og navigationsprojekt. Projektet omfattede også opførelsen af Pinopolis-dæmningen (Cooper River Dam) for at skabe Lake Moultrie, der ligger umiddelbart nedenstrøms, og en afledningskanal på syv og en halv kilometer lang for at forbinde de to. Dette var et af de infrastrukturprojekter, der blev støttet af præsident Franklin D. Roosevelt under den store depression for at skabe arbejdspladser og investere i fremtiden.
Dæmningen ved Wilson’s Landing er otte miles lang og har 62 Tainter-porte. På trods af sin størrelse genererer Santee-dæmningen kun 1,92 megawatt vandkraft. Vandkraftanlæggene ved Pinopolis-dæmningen blev designet til at producere størstedelen af strømmen i henhold til den oprindelige ordning: den producerer ca. 128 megawatt. I 1985 installerede United States Army Corps of Engineers som led i en storstilet omledning og omlægning af vandkraftværket St. Stephen Dam for at genvinde den tabte produktionskapacitet på yderligere 84 megawatt.
Marion-søen tilføres vand fra mange bifloder, herunder Wyboo Creek og Santee River, og også fra talrige kilder, herunder Eutaw Springs. Søen er opkaldt efter den amerikanske revolutionskrigsgeneral Francis Marion, der legendarisk er kendt som “Swamp Fox”. Hans tidligere hjem i Pond Bluff var et af dem, der blev oversvømmet, da søen blev skabt.