Den kryptiske Merle eller “Phantom Merle”, som de kaldes, er ikke at forveksle med en Double Merle, men er en joker blandt kuldet. I sjældne tilfælde kan Cryptic Merles blive født i et kuld af alle forældre med Merle-genet. Cryptic Merles er en mutation af Merle-genet og ligner en Tri black eller Tri red, men kan have overskydende hvide pletter på kroppen og stænk af Merle.
De har fået tilnavnet Phantom Merle, fordi der i nogle tilfælde ikke kan påvises nogen tydelig Merle-farvning, og de kan forveksles med en Tri-farvet Aussie. Andre Cryptic Merles kan let bemærkes på grund af den overskydende hvide farve eller større pletter af Merle på pelsen.
Cryptic Merle-farve kommer fra Merle-genet kaldet SINE (Short Interspeed Nucleotide Element). Dette gen er det, der gør Merle-pelsen så alsidig og unik. Længden af SINE-genet hos en hund er afgørende for, hvor små eller store de mørke pletter eller felter bliver på Merle-pelsen.
Hvis en Cryptic Merle parres med en anden Merle, vil de producere både Tri, og Merle hvalpe. Der er dog 3 % risiko for, at de vil producere dobbelte Merles med de tilhørende risici for døvhed og blindhed, og derfor frarådes Cryptic Merles også at blive avlet.
Jo længere SINE-genet er i en hund, jo mere Merle vil man se. Hvorimod jo kortere SINE-genet er i en hund, vil merlen være mindre tydelig, og vil begynde at ligne mere en Tri, som det ses på billederne nedenfor fra venstre til højre.