Prostaglandinanaloger som misoprostol anvendes til behandling af sår i tolvfingertarmen og mavesækken. Misoprostol og andre prostaglandinanaloger beskytter mave-tarmkanalens slimhinde mod skadelig mavesyre og er især indiceret til ældre, der er på kontinuerlige doser af NSAID’er.
I oftalmologi anvendes lægemidler af denne klasse til at sænke det intraokulære tryk (IOP) hos personer med glaukom. Indtil slutningen af 1970’erne mente man, at prostaglandiner hævede IOP, men en artikel offentliggjort i 1977 viste, at prostaglandin F2α sænkede det, og efterfølgende undersøgelser viste, at dette skyldtes en øget udstrømning af kammervæske, hovedsagelig ved at afslappe ciliarmusklen, og muligvis også på grund af ændringer i den ekstracellulære matrix og udvidelse af rummene i det trabekulære netværk. Dette arbejde førte til udvikling af prodrugs af PGF2α, herunder latanoprost, en isopropylanalog af PGF2α, der blev godkendt af FDA i 1996, bimatoprost og travoprost, der begge blev godkendt i 2001, og tafluprost, der blev godkendt i 2012. Der er dog bemærkelsesværdige bivirkninger forbundet med brugen, herunder øget vækst af øjenvipper, pigmentering af iris og mørkfarvning af huden omkring øjet.