Afskaffelse af feudalismen
Meijireformerne begyndte med foranstaltninger, der tog fat på den decentrale feudale struktur, som de tilskrev Japans svaghed. I 1869 blev herremændene i Satsuma, Chōshū, Tosa og Saga overtalt til at tilbagelevere deres landområder til tronen. Andre fulgte hurtigt trop. Hofet tog skridt til at standardisere administrationen af domænerne ved at udnævne deres tidligere daimyo’er til guvernører. I 1871 blev guvernør-daimyo’erne indkaldt til Tokyo og fik at vide, at domænerne officielt var blevet afskaffet. De 250 tidligere domæner blev nu til 72 præfekturer og tre metropoldistrikter, et antal, der senere blev reduceret med en tredjedel. I processen blev de fleste daimyo’er lempet ud af deres administrative roller, og selv om de blev belønnet med titler i en ny europæisk stil i 1884, blev de effektivt fjernet fra den politiske magt.
Meiji-lederne indså også, at de var nødt til at gøre en ende på det komplekse klassesystem, der havde eksisteret under feudalismen. Alligevel var det vanskeligt at håndtere samuraierne, som sammen med de pårørende talte næsten to millioner i 1868. Fra 1869 blev det gamle hierarki erstattet af en enklere opdeling, der etablerede tre ordener: hofadelige og tidligere feudalherrer blev kazoku (“jævnaldrende”); tidligere samuraier, shizoku og alle andre (herunder udstødte grupper) blev nu heimin (“almindelige mennesker”). Samuraierne fik i første omgang årlige pensioner, men økonomisk trængsel tvang dem i 1876 til at konvertere disse til engangsbetalinger i form af rentebærende, men ikke-konvertible obligationer. Andre symbolske klasseforskelle som f.eks. samuraiernes frisure og privilegiet til at bære sværd blev afskaffet.
Mange tidligere samuraier manglede kommerciel erfaring og spildte deres obligationer. Inflationen underminerede også deres værdi. Et nationalt værnepligtssystem, der blev indført i 1873, fratog samuraierne yderligere deres monopol på militærtjeneste. Samuraiernes utilfredshed resulterede i talrige oprør, hvoraf de alvorligste fandt sted i det sydvestlige område, hvor restaurationsbevægelsen var begyndt, og hvor krigerne forventede de største belønninger. Et oprør i Chōshū udtrykte utilfredshed med administrative foranstaltninger, der fratog samuraierne deres status og indkomst. I Saga opfordrede samuraierne til en udenlandsk krig for at skaffe beskæftigelse til deres klasse. Den sidste, og langt den største, opstand kom i Satsuma i 1877. Dette oprør blev ledet af restaurationshelten Saigō Takamori og varede i seks måneder. Den kejserlige regerings værnepligtige levyer havde svært ved at besejre Saigō, men i sidste ende sikrede overlegen transport, moderne kommunikation og bedre våben regeringen sejren. I dette, som i de andre oprør, var problemerne lokaliserede, og de fleste Satsuma-mænds loyalitet i centralregeringen forblev over for den kejserlige sag.
Landundersøgelser blev påbegyndt i 1873 for at bestemme mængden og værdien af jord baseret på de seneste års gennemsnitlige risudbytte, og der blev indført en monetær skat på 3 procent af jordværdien. De samme undersøgelser førte til certifikater for jordbesiddelse for landmænd, som blev frigjort fra den feudale kontrol. Jordforanstaltningerne indebar grundlæggende ændringer, og der var udbredt forvirring og usikkerhed blandt landmændene, hvilket gav sig udtryk i form af kortvarige oprør og demonstrationer. Men etableringen af privat ejerskab og foranstaltninger til fremme af ny teknologi, gødning og frø førte til en stigning i landbrugsproduktionen. Jordskatten, suppleret med trykte penge, blev den vigtigste kilde til statens indtægter i flere årtier.
Men selv om den var hårdt presset på penge, iværksatte regeringen et program for industrialisering, der blev anset for at være afgørende for den nationale styrke. Med undtagelse af militærindustrier og strategisk kommunikation var dette program stort set på private hænder, selv om regeringen oprettede pilotfabrikker for at give opmuntring. Handel og produktion nød godt af et voksende nationalt marked og retssikkerhed, men de ulige traktater, der blev indgået med fremmede magter, gjorde det umuligt at beskytte industrierne med told indtil 1911.
I 1880’erne fik frygten for overdreven inflation regeringen til at sælge sine resterende fabrikker til private investorer – som regel personer med tætte bånd til magthaverne. Som følge heraf kom en lille gruppe af mænd til at dominere mange industrier. Kollektivt blev de kendt som zaibatsu’erne eller de finansielle kliker. Med store muligheder og få konkurrenter kom zaibatsu-firmaerne til at dominere virksomhed efter virksomhed. Disse mænd delte en lignende vision for landet og havde tætte forbindelser til regeringsledelsen. Huset Mitsui var f.eks. på venskabelig fod med mange af Meiji-oligarkerne, og Mitsubishi blev grundlagt af en samurai fra Tosa, som havde været en samarbejdspartner for dem i regeringens inderste kreds.
Det var lige så vigtigt for opbygningen af en moderne stat at udvikle en national identitet. Ægte national enhed krævede udbredelse af nye loyaliteter blandt den brede befolkning og omdannelse af magtesløse og uartikulerede bønder til borgere i en centraliseret stat. Brugen af religion og ideologi var afgørende for denne proces. Den tidlige Meiji-politik ophøjede derfor Shintō til den højeste position i det nye religiøse hierarki og erstattede buddhismen med en kult af nationale guddomme, der støttede tronen. Kristendommen blev modvilligt legaliseret i 1873, men selv om den var vigtig for nogle intellektuelle, blev den behandlet med mistillid af mange i regeringen. Udfordringen var fortsat, hvordan man kunne bruge traditionelle værdier uden at risikere udenlandsk fordømmelse af, at regeringen påtvang japanerne en statsreligion. I 1890’erne var uddannelsessystemet det ideelle middel til at indgyde den nye ideologiske orientering. Et system med universel uddannelse var blevet annonceret i 1872. I en periode var dets organisation og filosofi vestlige, men i løbet af 1880’erne kom der en ny vægt på etik, da regeringen forsøgte at modvirke en overdreven vestliggørelse og fulgte de europæiske idéer om nationalistisk uddannelse. I 1890 fastlagde det kejserlige reskript om uddannelse (Kyōiku Chokugo) linjerne i den konfucianske og Shintō-ideologi, som udgjorde det moralske indhold i den senere japanske uddannelse. Således blev loyalitet over for kejseren, som var afdækket med konfucianske lærdomme og Shintō- ærbødighed, centrum for en borgers ideologi. For at undgå beskyldninger om indoktrinering skelnede staten mellem denne sekulære kult og egentlig religion og tillod “religionsfrihed”, mens den krævede en form for tilbedelse som en patriotisk pligt for alle japanere. Uddannelsessystemet blev også udnyttet til at projicere det ideal om samurai-loyalitet, som havde været den herskende klasses arv, ind i den brede befolkning.