Cryptic Merle tai ”Phantom Merle”, kuten niitä lempinimeltään kutsutaan, on villi kortti pentueiden joukossa, eikä niitä pidä sekoittaa Double Merleen. Harvoin Cryptic Merlejä voi syntyä missä tahansa pentueessa, jonka vanhemmilla on Merle-geeni. Cryptic Merlet ovat merle-geenin mutaatio, ja ne näyttävät tri-mustilta tai tri-punaiselta, mutta niissä voi olla ylimääräisiä valkoisia laikkuja rungossa ja merle-roiskeita.
Lempinimeltään Phantom Merle, koska joissakin tapauksissa niissä ei ole havaittavissa mitään ilmeistä merle-väritystä, ja niitä voidaan erehtyä luulemaan tri-väriseksi Aussieksi. Muut Cryptic Merlet voidaan helposti havaita ylimääräisestä valkoisesta tai suuremmista merle-laikuista turkissa.
Cryptic Merle -väritys tulee Merle-geenistä nimeltä SINE (Short Interspeed Nucleotide Element). Tämä geeni tekee Merle-turkista niin monipuolisen ja ainutlaatuisen. Koiran SINE-geenin pituus määrää sen, kuinka pieniä tai suuria tummia täpliä tai laikkuja Merle-turkkiin tulee.
Jos Cryptic Merle jalostetaan toisen Merlen kanssa, ne tuottavat sekä Tri- että Merle-pentuja. On kuitenkin 3 %:n mahdollisuus, että ne tuottavat kaksoismerlejä ja niihin liittyviä kuurouden ja sokeuden riskejä, ja siksi Cryptic Merlejä ei myöskään suositella jalostettavaksi.
Mitä pidempään SINE-geeni on koirassa, sitä enemmän merlejä esiintyy. Kun taas mitä lyhyempi SINE-geeni on koirassa, sitä vähemmän merle näkyy, ja se alkaa näyttää enemmän Tri:ltä, kuten alla olevissa kuvissa vasemmalta oikealle.