Tässä luvussa kuvataan massaspektrometrian käyttöä lääkkeiden laadunvalvonnassa. Massaspektrometrialle on ominaista pienet näytemäärät ja erittäin alhainen toteamisraja. Se on siten mikromenetelmä ja samalla jäljitysanalyysimenetelmä. Massaspektrometriset tiedot voidaan valmistella tietokoneavusteista arviointia varten eli ne voidaan standardoida. Massaspektrometrian analyyttisen käytön kannalta tärkeitä ovat havaitsemisraja, tunnistusraja ja tarvittavat näytemäärät. Detektioraja (detektioherkkyys) on osoitus massaspektrometrin ioniooptisesta tilasta. Massaspektrometriaa voidaan käyttää monin eri tavoin lääkkeiden laadunvalvonnassa, mm: (1) farmaseuttisten aineiden identiteetin testaaminen; (2) farmaseuttisten aineiden puhtauden testaaminen (jäljitysanalyysi); (3) farmaseuttisten aineiden seosten analysointi; (4) kvantitatiivinen analyysi esimerkiksi orgaanisessa aineessa (veriplasmassa); ja (5) luonnonaineiden, synteettisten tuotteiden, farmaseuttisten aineiden muuntumistuotteiden ja farmaseuttisten aineiden metaboliittien rakenneanalyysi.