Shakur oli yksi kuudesta Mustan vapautusarmeijan jäsenestä, jotka tekivät vuonna 1981 panssariauton ryöstön. He varastivat 1,6 miljoonaa dollaria käteistä Brink’s-panssariautosta Nanuet Mall -ostoskeskuksessa Nanuetissa, New Yorkissa, tappaen Brink’sin vartijan Peter Paigen, haavoittaen vakavasti toista Brinksin vartijaa Joseph Trombinoa ja tappaen sittemmin kaksi Nyackin poliisia, Edward O’Gradyn ja Waverly Brownin (Nyackin, New Yorkin poliisilaitoksen ensimmäinen musta jäsen). Trombino toipui tästä tapauksesta saamistaan haavoista, mutta sai surmansa vuonna 2001 syyskuun 11. päivän iskuissa.
Shakur, ryhmän väitetty johtaja, pakeni kiinniottoa kuuden vuoden ajan ja oli siten viimeinen, joka joutui oikeuteen ryöstöön liittyvistä syytteistä. 1980-luvulla Shakur ja Marilyn Buck saivat syytteen RICO-syytteistä (Racketeer Influenced and Corrupt Organizations Act). Vapaalla jalalla ollessaan hänestä tuli 23. heinäkuuta 1982 380. henkilö, jonka FBI lisäsi kymmenen etsityimmän karkurin listalle. FBI pidätti hänet 12. helmikuuta 1986 Kaliforniassa. Shakuria ja Buckia vastaan käytiin oikeudenkäynti vuonna 1987, ja heidät tuomittiin 11. toukokuuta 1988.
Vaikka liittovaltion ehdonalainen vankeus lakkautettiin vuoden 1984 rangaistusuudistuslain (Sentencing Reform Act of 1984) nojalla, Shakurin tuomiot vapautettiin siitä, koska lain säännökset tulivat voimaan vasta vuonna 1987. Näin ollen hänen tuomitsemishetkellä voimassa olleiden sääntöjen mukaan hänen oli määrä saada pakollinen ehdonalaiseen vapauteen päästämistä koskeva päätös suoritettuaan kolmekymmentä vuotta alkuperäisestä kuusikymmenvuotisesta tuomiostaan, joka tuli vuonna 2016. Yhdysvaltain ehdonalaisvalvontakomissio kuitenkin eväsi hänen vapauttamisensa vuosina 2016 ja 2018.
Vangitsemisensa jälkeen hän perusti New Yorkissa toimivan Dare 2 Struggle -nimisen järjestön, joka julkaisi Tupac Shakurille kymmenvuotisjuhlavuoden tribuuttialbumin nimeltä A 2Pac Tribute: Dare 2 Struggle vuonna 2006 musiikkialan veteraanin Morey Alexanderin First Kut Recordsin ja kanadalaisen aktivistin Deejay Ran Lyrical Knockout Entertainmentin kautta. Albumilla esiintyvät muun muassa Mopreme Shakur, Outlawz ja Imaan Faith. Kuten Shakur kertoo, levy luotiin motivoimaan, inspiroimaan ja haastamaan mustia ihmisiä taistelemaan esteitään vastaan. Hän äänitti myös radio-PSA:n Deejay Ra:n ”Hip-Hop Literacy” -kampanjaa varten, jossa kannustettiin lukemaan Tupacista kertovia kirjoja. Shakuria haastateltiin Oscar-ehdokkuuden saaneessa dokumenttielokuvassa Tupac: Resurrection, jossa hän kertoi kirjoittaneensa Tupacin kanssa ”Thug Life Handbook” -kirjan, jossa hän ilmaisi huumeiden ja väkivallan vastaisen viestin.