Prostaglandiinianalogeja, kuten misoprostolia, käytetään pohjukaissuoli- ja mahahaavan hoidossa. Misoprostoli ja muut prostaglandiinianalogit suojaavat ruoansulatuskanavan limakalvoa haitalliselta mahahapolta, ja ne ovat erityisen käyttökelpoisia iäkkäille, jotka saavat jatkuvia annoksia tulehduskipulääkkeitä.
Silmätautiopin alalla tämän luokan lääkkeitä käytetään silmänpaineen alentamiseen glaukoomaa sairastavilla. Vielä 1970-luvun loppupuolelle asti prostaglandiinien uskottiin nostavan silmänpaineen nousua, mutta vuonna 1977 julkaistussa artikkelissa osoitettiin, että prostaglandiini F2α laski sitä, ja myöhemmissä tutkimuksissa todettiin, että tämä johtui kammionesteen ulosvirtauksen lisääntymisestä, pääasiassa rentouttamalla sädelihasta, ja mahdollisesti myös solunulkoisen matriksin muutoksista ja tilojen laajenemisesta trabekulaarisen silmäkuopan sisällä. Tämä työ johti PGF2α:n aihiolääkkeiden kehittämiseen, mukaan lukien latanoprost, PGF2α:n isopropyylianalogi, jonka FDA hyväksyi vuonna 1996, bimatoprost ja travoprost, jotka molemmat hyväksyttiin vuonna 2001, ja tafluprost, joka hyväksyttiin vuonna 2012. Käyttöön liittyy kuitenkin huomattavia haittavaikutuksia, kuten silmäripsien lisääntynyt kasvu, iiriksen pigmentoituminen ja silmää ympäröivän ihon tummuminen.