Mäyräkoirat ja niiden edeltäjät voidaan jäljittää aina 1400-luvulle asti keskiajan Eurooppaan, jossa keskiaikaisessa Euroopassa nähtiin kuvissa mäyräkoiria metsästäviä koiria, joilla oli pitkänomainen vartalo, lyhyet jalat ja hurtan tyyppiset korvat. Mäyräkoirat tuotiin 1500-luvulla Saksaan, ja niitä kehitettiin valikoivalla jalostuksella sadan vuoden ajan.
Kun saksalaiset huomasivat rodun metsästysominaisuudet, nimi oli helppo löytää. Saksaksi ”dachs” tarkoittaa mäyräkoiraa ja ”hund” koiraa, mistä syntyi nimi Dachshund eli mäyräkoira. Rodun lyhentyneiden jalkojen ansiosta ne pystyivät metsästämään ja seuraamaan pieniä jyrsijöitä maahan asti. Vaikka alkuperäiset saksanmäyräkoirat olivat nykyisiä koiria kookkaampia, ne ovat edelleen yhtä pelottomia kuin vuosisatoja sitten.
Joidenkin mielestä mäyräkoirat ovat epätavallisen näköisiä, mutta itse asiassa rotu kehitettiin vuosisadan aikana auttamaan koiran metsästystä. Mäyräkoirien lyhyet jalat ja melanmuotoiset tassut antavat niille kyvyn kaivautua syvälle maahan ja pyydystää erilaisia jyrsijöitä.
1800-luvulla mäyräkoiria tuotiin Isoon-Britanniaan ja Yhdysvaltoihin, jossa niitä kasvatettiin enemmän lemmikeiksi kuin metsästäjiksi. Niistä tuli myös noin 10 kiloa kevyempiä. Vuonna 1895 perustettiin Amerikan mäyräkoirakerho.
Kummankin maailmansodan aikana rodun suosio laski, koska niitä käytettiin Yhdysvalloissa, Englannissa ja Ranskassa kuvaamaan Saksaa monissa sota-ajan propagandateoksissa. Sotien jälkeen yhdysvaltalaiset kasvattajat alkoivat hitaasti kasvattaa jälleen mäyräkoiria, ja koirasta alkoi tulla suosittu lemmikki.
Tänä päivänä mäyräkoira on yksi maan suosituimmista koirista. Itse asiassa vuonna 2018 rotu oli 12. sijalla AKC:n listalla Yhdysvaltain suosituimmista koirista. Mäyräkoiria on kahta kokoa, vakio- ja kääpiökoiraa, ja turkkeja on kolmea eri tyyppiä: sileäkarvaisia, lankakarvaisia ja pitkäkarvaisia. Ne ovat rakastettavia, leikkisiä ja ihanteellisia lemmikkejä moniin koteihin, myös sellaisiin, joissa on lapsia.