Yhdysvallat julisti 21. huhtikuuta 1898 sodan Espanjaa vastaan. Konfliktin syitä oli monia, mutta välittömät syyt olivat Amerikan tuki Kuuban jatkuvalle taistelulle Espanjan hallintoa vastaan ja U.S.S. Mainen salaperäinen räjähdys Havannan satamassa. Siitä tulisi ensimmäinen Yhdysvaltojen käymä merentakainen sota, johon liittyi kampanjoita sekä Kuubassa että Filippiinisaarilla.
Philippiinejä vartioiva espanjalainen laivasto kukistui kommodori George Deweyn komennossa olleelle Yhdysvaltain laivastolle 1. toukokuuta 1898. Tietämättömänä Deweyn menestyksestä presidentti McKinley antoi luvan joukkojen kokoamiseen kampanjan käynnistämiseksi pääkaupunki Manilaa vastaan. Parhaiten Filippiineille suuntautuvien joukkojen asemapaikaksi soveltui San Franciscon Presidio. Suurin osa näistä sotilaista oli vapaaehtoisia, jotka olivat kotoisin eri puolilta Yhdysvaltoja ja jotka kokoontuivat ja kouluttautuivat Presidiossa ennen pitkää merimatkaa Filippiineille ja heidän osallistumistaan, kuten ulkoministeri John Hay asian ilmaisi, ”loistavaan pikku sotaan”.”
Presidion rooli
Presidio oli luonnollinen välietappi, koska se sijaitsi lähellä länsirannikon hienointa satamaa, ja sillä oli riittävästi maata, jotta se pystyi majoittamaan ja kouluttamaan suuren määrän joukkoja Filippiineillä palvelemista varten. Ensimmäiset sotilaat lähtivät Presidiosta toukokuussa 1898, ja ne koostuivat 1. Kalifornian jalkaväkirykmentistä ja 2. Oregonin jalkaväkirykmentistä. Pian Presidioon sijoitettiin vakinaisen varuskunnan lisäksi sotilaita Washingtonista, Montanasta, Iowasta, Wyomingista, Kansasista, Tennesseestä ja Utahista. Sodan alusta vuoteen 1900 noin 80 000 miestä kulki aseman kautta matkalla Filippiineille. Vuosisadan vaihteessa San Francisco tarjosi monia nähtävyyksiä, mutta armeijan elämä Presidiossa oli ahdasta, ja tilapäisissä telttaleireissä puhkesi usein sairaus. Tämä tilanne sai armeijan parantamaan joukkojen tiloja ja auttoi muuttamaan Presidion ilmettä seuraavien vuosien aikana.
Taistelu Filippiineillä
Suurin osa Presidion joukoista pääsi saarille liian myöhään taistelemaan espanjalaisia vastaan lyhyessä sodassa. Filippiinien kapinalliset olivat kuitenkin käyneet sissisotaa espanjalaista kolonialismia vastaan jo kauan ennen kuin Yhdysvallat tuli mukaan. Heidän maanpaossa oleva johtajansa Emilio Aquinaldo otti nopeasti yhteyttä Filippiineille jo matkalla olleisiin hyökkäysjoukkoihin siinä uskossa, että Yhdysvallat auttaisi ”Insurrectos” -kapinallisia saavuttamaan itsenäisyyden Espanjasta. Yhdysvaltain hallituksen ekspansiivisilla oli kuitenkin muita suunnitelmia. Allekirjoitettuaan 10. joulukuuta 1898 Pariisin sopimuksen, joka päätti sodan Espanjaa vastaan, Yhdysvallat päätti antaa Kuuballe itsenäisyyden mutta pitää Filippiinit Filippiinien kansallismielisten tyrmistykseksi.
Filippiinien itsenäisyystaistelu
Yhdysvaltojen pyrkimys laajentaa vaikutusvaltaansa Tyynenmeren yli käynnisti Filippiinien amerikkalaissodan. Taistelut syttyivät 4. helmikuuta 1899 ja ylittivät lopulta reilusti Espanjan vastaiset taistelut. Sodan puhjetessa Yhdysvalloilla oli Filippiineillä vain pieni määrä joukkoja verrattuna Aquinaldon 40 000 taistelijaan. Amerikkalaisten joukkojen vahvuus kasvoi aina vuoteen 1901 asti, jolloin niiden määrä oli 75 000. Lähes kaikki Filippiineille taistelemaan lähetetyt joukot viettivät aikaa Presidiossa.
Yhdysvaltojen rooli maailmanpolitiikassa
Espanja-amerikkalainen sota ja sen seuraukset viivästyttivät Filippiinien itsenäistymistä toisen maailmansodan jälkeiseen aikaan, mutta loivat suhteet, jotka edistivät huomattavan filippiiniläisväestön kasvua Yhdysvaltain rajojen sisäpuolella. Yhdysvallat nousi vaikutusvaltaiseksi maailmanvallaksi uusien merentakaisten omistustensa myötä ja aloitti tien, joka vaikuttaisi sen rooliin kansainvälisissä asioissa tulevan vuosisadan ajan.