Feodalismin lakkauttaminen
Meiji-uudistajat aloittivat toimenpiteillä, joilla puututtiin hajautettuun feodaalirakenteeseen, jonka he katsoivat johtuvan Japanin heikkoudesta. Vuonna 1869 Satsuman, Chōshūn, Tosan ja Sagan herrat suostuteltiin palauttamaan maansa valtaistuimelle. Muut seurasivat nopeasti esimerkkiä. Hovi ryhtyi toimenpiteisiin yhdenmukaistaakseen alueiden hallintoa ja nimitti entiset daimyot kuvernööreiksi. Vuonna 1871 kuvernööri-daimyot kutsuttiin Tokioon ja heille kerrottiin, että alueet oli virallisesti lakkautettu. Entisistä 250 alueesta tuli nyt 72 prefektuuria ja kolme metropolialuetta, joiden määrä väheni myöhemmin kolmanneksella. Samalla useimmat daimyot vapautettiin hallinnollisista tehtävistä, ja vaikka heidät palkittiin vuonna 1884 arvonimillä uudessa eurooppalaistyylisessä aatelissäädyssä, heidät poistettiin käytännössä poliittisesta vallasta.
Meiji-johtajat ymmärsivät myös, että heidän oli lopetettava feodalismin aikainen monimutkainen luokkajärjestelmä. Oli kuitenkin vaikeaa käsitellä samuraita, joita oli vuonna 1868 huollettavineen lähes kaksi miljoonaa. Vuodesta 1869 alkaen vanha hierarkia korvattiin yksinkertaisemmalla jaolla, jossa luotiin kolme järjestystä: hovin aatelisista ja entisistä feodaaliherroista tuli kazokuja (”vertaisia”); entisistä samuraista, shizokuista ja kaikista muista (myös hylkiöryhmistä) tuli nyt heimineitä (”tavallisia ihmisiä”). Samurait saivat aluksi vuotuisia eläkkeitä, mutta taloudelliset vaikeudet pakottivat muuttamaan ne vuonna 1876 korollisiksi, mutta vaihtokelvottomiksi joukkovelkakirjalainoiksi, jotka maksettiin kertasuorituksina. Muut symboliset luokkaerot, kuten samuraiden hiustyyli ja etuoikeus kantaa miekkaa, poistettiin.
Monilla entisillä samurailla ei ollut kaupallista kokemusta ja he tuhlasivat velkakirjansa. Myös inflaatio alensi niiden arvoa. Vuonna 1873 käyttöön otettu kansallinen asevelvollisuusjärjestelmä vei samuraita entisestään monopolista asepalvelukseen. Samuraiden tyytymättömyys johti lukuisiin kapinoihin, joista vakavimmat tapahtuivat lounaassa, jossa restauraatioliike oli alkanut ja jossa soturit odottivat suurimpia palkkioita. Chōshūn kapinassa ilmaistiin tyytymättömyyttä hallinnollisiin toimenpiteisiin, jotka riistivät samuraiden aseman ja tulot. Sagassa samurait vaativat ulkomaansotaa, jotta heidän luokkansa saisi työtä. Viimeinen ja ylivoimaisesti suurin kapina syntyi Satsumassa vuonna 1877. Tätä kapinaa johti restauraatiosankari Saigō Takamori, ja se kesti kuusi kuukautta. Keisarillisen hallituksen asevelvollisuusjoukoilla oli vaikeuksia kukistaa Saigō, mutta lopulta ylivoimainen liikenne, nykyaikaiset viestintäyhteydet ja paremmat aseet takasivat hallituksen voiton. Tässä, kuten muissakin kapinoissa, ongelmat olivat paikallisia, ja useimpien keskushallinnossa toimivien Satsuman miesten lojaalisuus säilyi keisarilliselle asialle.
Maanmittaukset aloitettiin vuonna 1873 maan määrän ja arvon määrittämiseksi viime vuosien keskimääräisten riisisatojen perusteella, ja otettiin käyttöön rahamääräinen vero, jonka suuruus oli kolme prosenttia maan arvosta. Samat tutkimukset johtivat maanomistajatodistuksiin maanviljelijöille, jotka vapautettiin feodaalisesta valvonnasta. Maatoimenpiteisiin liittyi perustavanlaatuisia muutoksia, ja viljelijöiden keskuudessa vallitsi laaja hämmennys ja epävarmuus, joka ilmeni lyhytaikaisina kapinoina ja mielenosoituksina. Yksityisomistuksen perustaminen ja toimenpiteet, joilla edistettiin uutta teknologiaa, lannoitteita ja siemeniä, johtivat kuitenkin maataloustuotannon kasvuun. Maavero, jota täydennettiin painetulla rahalla, muodostui valtion pääasialliseksi tulonlähteeksi useiksi vuosikymmeniksi.
Vaikka hallitus oli rahapulassa, se käynnisti teollistamisohjelman, jonka katsottiin olevan välttämätön kansalliselle vahvuudelle. Sotateollisuutta ja strategista viestintää lukuun ottamatta tämä ohjelma oli suurelta osin yksityisissä käsissä, vaikka hallitus perusti kokeilutehtaita rohkaisuksi. Kauppa ja teollisuus hyötyivät kasvavista kansallisista markkinoista ja oikeusturvasta, mutta ulkovaltojen kanssa solmitut epätasa-arvoiset sopimukset tekivät mahdottomaksi suojata teollisuutta tulleilla vuoteen 1911 asti.
1880-luvulla pelko liiallisesta inflaatiosta sai hallituksen myymään jäljellä olevat tehtaansa yksityisille sijoittajille – yleensä henkilöille, joilla oli läheiset suhteet vallassa oleviin. Tämän seurauksena pieni joukko miehiä tuli hallitsemaan monia teollisuudenaloja. Kollektiivisesti heidät tunnettiin zaibatsuina eli finanssikliikkeinä. Suurten mahdollisuuksien ja vähäisten kilpailijoiden ansiosta zaibatsuyritykset alkoivat hallita yritystä toisensa jälkeen. Näillä miehillä oli samanlainen näkemys maasta, ja heillä oli läheiset suhteet hallituksen johtoon. Esimerkiksi Mitsuin talo oli ystävällisissä väleissä monien Meiji-oligarkkien kanssa, ja Mitsubishin talon perusti Tosa-samurai, joka oli ollut hallituksen sisäpiiriin kuuluneiden henkilöiden kumppani.
Nykyaikaisen valtion rakentamisen kannalta yhtä tärkeää oli kansallisen identiteetin kehittäminen. Todellinen kansallinen yhtenäisyys edellytti uusien lojaalisuuksien levittämistä koko väestön keskuudessa ja voimattomien ja sanattomien talonpoikien muuttamista keskitetyn valtion kansalaisiksi. Uskonnon ja ideologian käyttö oli tässä prosessissa elintärkeää. Varhainen Meijin politiikka nosti siksi shintōn korkeimpaan asemaan uudessa uskonnollisessa hierarkiassa ja korvasi buddhalaisuuden valtaistuinta tukevalla kansallisten jumaluuksien kultilla. Kristinusko laillistettiin vastentahtoisesti vuonna 1873, mutta vaikka se oli tärkeä joillekin intellektuelleille, monet hallituksen jäsenet suhtautuivat siihen epäluuloisesti. Haasteena oli edelleen, miten käyttää perinteisiä arvoja vaarantamatta ulkomaisia tuomioita siitä, että hallitus pakotti japanilaiset valtionuskontoon. Vuoteen 1890 mennessä koulutusjärjestelmä tarjosi ihanteellisen välineen uuden ideologisen suuntauksen juurruttamiseen. Yleissivistävästä koulutusjärjestelmästä oli ilmoitettu vuonna 1872. Jonkin aikaa sen organisaatio ja filosofia olivat länsimaisia, mutta 1880-luvulla korostui eettisyys, kun hallitus yritti torjua liiallista länsimaistumista ja seurasi kansalliskasvatusta koskevia eurooppalaisia ajatuksia. Vuonna 1890 annetussa keisarillisessa koulutuskirjeessä (Kyōiku Chokugo) määriteltiin konfutselaisen ja shintō-ideologian linjat, jotka muodostivat myöhemmän japanilaisen koulutuksen moraalisen sisällön. Näin lojaalisuudesta keisaria kohtaan, jota suojasivat konfutselaiset opetukset ja shintōn kunnioitus, tuli kansalaisen ideologian keskus. Välttääkseen indoktrinaatiosyytökset valtio teki eron tämän maallisen kultin ja varsinaisen uskonnon välillä sallimalla ”uskonnonvapauden” ja vaatimalla samalla jonkinlaista palvontaa kaikkien japanilaisten isänmaallisena velvollisuutena. Koulutusjärjestelmää hyödynnettiin myös projisoimaan kansalaisiin laajalti hallitsevan luokan perintönä ollutta samurai-uskollisuuden ihannetta.