A feudalizmus eltörlése
A Meidzsi-reformerek olyan intézkedésekkel kezdték, amelyek a decentralizált feudális struktúrával foglalkoztak, amelynek Japán gyengeségét tulajdonították. 1869-ben meggyőzték Satsuma, Chōshū, Tosa és Saga urait, hogy adják vissza földjeiket a trónnak. Mások gyorsan követték a példát. Az udvar lépéseket tett a tartományok igazgatásának egységesítésére, és korábbi daimjóikat kormányzókká nevezte ki. 1871-ben a kormányzó daimjókat Tokióba hívták, és közölték velük, hogy a tartományok hivatalosan is megszűntek. A 250 korábbi tartományból 72 prefektúra és három nagyvárosi kerület lett, amelyek számát később egyharmaddal csökkentették. A folyamat során a legtöbb daimjót kivonták a közigazgatási szerepekből, és bár 1884-ben egy új, európai típusú peerage címekkel jutalmazták őket, gyakorlatilag eltávolították őket a politikai hatalomból.
A Meidzsi-vezetők azt is felismerték, hogy véget kell vetniük a feudalizmusban létező bonyolult osztályrendszernek. Mégis nehéz volt megbirkózni a szamurájokkal, akik 1868-ban az eltartottakkal együtt csaknem kétmillióan voltak. 1869-től kezdve a régi hierarchiát egy egyszerűbb felosztás váltotta fel, amely három rendet hozott létre: az udvari nemesek és a korábbi feudális urak kazoku (“egyenrangúak”) lettek; a korábbi szamurájok, shizoku és mindenki más (beleértve a kitaszított csoportokat is) mostantól heimin (“közemberek”). A szamurájok kezdetben éves nyugdíjat kaptak, de a pénzügyi kényszer miatt ezt 1876-ban át kellett alakítani kamatozó, de nem átváltható kötvények egyösszegű kifizetésére. Más szimbolikus osztálykülönbségeket, mint például a szamurájok hajviseletét és a kard viselésének kiváltságát eltörölték.
Sok egykori szamurájnak nem volt kereskedelmi tapasztalata, és elherdálta a kötvényeit. Az infláció is alábecsülte az értéküket. Az 1873-ban bevezetett nemzeti sorozási rendszer tovább fosztotta meg a szamurájokat a katonai szolgálat monopóliumától. A szamurájok elégedetlensége számos lázadást eredményezett, a legsúlyosabbak délnyugaton voltak, ahol a restaurációs mozgalom elindult, és ahol a harcosok a legnagyobb jutalomra számítottak. Egy chōshūi felkelés a szamurájokat státuszuktól és jövedelmüktől megfosztó adminisztratív intézkedésekkel szembeni elégedetlenségét fejezte ki. Saga-ban a szamurájok külföldi háborút követeltek, hogy munkát biztosítsanak az osztályuknak. Az utolsó, és messze a legnagyobb lázadás 1877-ben Satsumában tört ki. Ezt a lázadást a restaurációs hős Saigō Takamori vezette, és hat hónapig tartott. A császári kormány sorkatonai alakulata nehezen tudta legyőzni Saigōt, de végül a jobb közlekedés, a modern kommunikáció és a jobb fegyverek biztosították a kormány győzelmét. Ebben is, mint a többi lázadásban, a problémák lokálisak voltak, és a központi kormányzatban a legtöbb szatsumai ember lojalitása a császári ügy mellett maradt.
A földfelmérések 1873-ban kezdődtek meg, hogy az elmúlt évek átlagos rizstermésén alapuló földek mennyiségét és értékét meghatározzák, és a földérték 3 százalékának megfelelő pénzbeli adót vezettek be. Ugyanezek a felmérések vezettek földtulajdonosi igazolásokhoz a gazdák számára, akiket felszabadítottak a feudális ellenőrzés alól. A földügyi intézkedések alapvető változásokkal jártak, és a gazdák körében széles körű zűrzavar és bizonytalanság alakult ki, ami rövid ideig tartó lázadások és tüntetések formájában fejeződött ki. A magántulajdon létrehozása, valamint az új technológiát, műtrágyát és vetőmagokat támogató intézkedések azonban a mezőgazdasági termelés növekedését eredményezték. A nyomtatott pénzzel kiegészített földadó több évtizedre a kormányzati bevételek fő forrásává vált.
A kormány, bár pénzszűkében volt, elindította az iparosítási programot, amelyet a nemzeti erősséghez nélkülözhetetlennek tekintett. A hadiipar és a stratégiai kommunikáció kivételével ez a program nagyrészt magánkézben volt, bár a kormány kísérleti üzemeket hozott létre, hogy ösztönzést nyújtson. A kereskedelem és a gyártás profitált a növekvő nemzeti piacból és a jogbiztonságból, de a külföldi hatalmakkal kötött egyenlőtlen szerződések 1911-ig lehetetlenné tették az iparágak vámokkal való védelmét.
Az 1880-as években a túlzott inflációtól való félelem arra késztette a kormányt, hogy a megmaradt üzemeket magánbefektetőknek – általában a hatalmon lévőkkel szoros kapcsolatban álló magánszemélyeknek – adja el. Ennek eredményeképpen férfiak egy kis csoportja uralni kezdett számos iparágat. Közösen zaibatsu, azaz pénzügyi klikkek néven váltak ismertté. A nagy lehetőségek és a kevés versenytárs miatt a zaibatsu cégek egyik vállalatot a másik után uralták. Mivel hasonló elképzeléseik voltak az országról, ezek az emberek szoros kapcsolatokat ápoltak a kormány vezetésével. A Mitsui-ház például baráti kapcsolatban állt a Meidzsi-oligarchák közül sokakkal, a Mitsubishi-házat pedig egy Tosa szamuráj alapította, aki a kormány belső köréhez tartozók munkatársa volt.
A modern állam felépítéséhez hasonlóan fontos volt a nemzeti identitás kialakítása. A valódi nemzeti egységhez új lojalitások elterjesztésére volt szükség a lakosság körében, és a tehetetlen és artikulálatlan parasztok átalakítására egy központosított állam polgáraivá. A vallás és az ideológia felhasználása létfontosságú volt ebben a folyamatban. A korai Meidzsi-politika ezért a shintōt az új vallási hierarchia legmagasabb pozíciójába emelte, a buddhizmust a trónt támogató nemzeti istenségek kultuszával váltotta fel. A kereszténységet 1873-ban vonakodva legalizálták, de bár néhány értelmiségi számára fontos volt, a kormányzatban sokan gyanakvással kezelték. A kihívás továbbra is az volt, hogyan lehet a hagyományos értékeket úgy felhasználni, hogy ne kockáztassák a külföldi elítélést, miszerint a kormány államvallást kényszerít a japánokra. Az 1890-es évekre az oktatási rendszer ideális eszközt jelentett az új ideológiai irányzat meghonosítására. Az egyetemes oktatási rendszert 1872-ben hirdették meg. Szervezete és filozófiája egy ideig nyugati volt, de az 1880-as években új hangsúlyt kapott az etika, mivel a kormány megpróbált fellépni a túlzott nyugatiasodás ellen, és követte a nacionalista oktatással kapcsolatos európai elképzeléseket. 1890-ben az Oktatásról szóló császári rendelet (Kyōiku Chokugo) lefektette a konfuciánus és shintō ideológia irányvonalait, amelyek a későbbi japán oktatás erkölcsi tartalmát képezték. Így a császár iránti lojalitás, amelyet konfuciánus tanításokkal és shintō tisztelettel sövényeztek be, az állampolgári ideológia középpontjába került. Hogy elkerülje az indoktrináció vádját, az állam különbséget tett e világi kultusz és a tényleges vallás között, megengedve a “vallásszabadságot”, miközben minden japán számára hazafias kötelességként előírta az istentisztelet egy formáját. Az oktatási rendszert arra is felhasználták, hogy a szamurájhűség eszményét, amely az uralkodó osztály öröksége volt, az állampolgárok egészére kivetítsék.