A prosztaglandin-analógokat, például a misoprostolt a nyombél- és gyomorfekély kezelésére használják. A misoprostol és más prosztaglandin-analógok védik a gyomor-bélrendszer nyálkahártyáját a káros gyomorsavtól, és különösen javallottak a folyamatos adagolású NSAID-okat szedő idősek számára.
A szemészet területén az ebbe az osztályba tartozó gyógyszereket a glaukómában szenvedők szemnyomás (IOP) csökkentésére használják. Az 1970-es évek végéig úgy gondolták, hogy a prosztaglandinok emelik az IOP-t, de egy 1977-ben megjelent tanulmány kimutatta, hogy a prosztaglandin F2α csökkenti azt, és a későbbi vizsgálatok megállapították, hogy ez a vizes nedv kiáramlásának növelésével magyarázható, főként a ciliáris izomzat ellazítása révén, és valószínűleg az extracelluláris mátrix változásai és a trabecularis hálómoszatban lévő terek tágulása miatt is. Ez a munka vezetett a PGF2α prodrogjainak kifejlesztéséhez, beleértve a latanoprosztot, a PGF2α izopropil-analógját, amelyet 1996-ban hagyott jóvá az FDA, a bimatoprosztot és a travoprosztot, mindkettőt 2001-ben, valamint a tafluprostot, amelyet 2012-ben engedélyeztek. Használatukkal azonban figyelemre méltó mellékhatások társulnak, beleértve a szempillák fokozott növekedését, az írisz pigmentációját és a szem körüli bőr sötétedését.