A Cryptic Merle vagy “Phantom Merle”, ahogy a becenevüket adták, nem tévesztendő össze a Double Merle-lel, mivel a Cryptic Merle vagy “Phantom Merle” a joker az almok között. Ritkán előfordulhat, hogy Cryptic Merle-ek bármelyik Merle génnel rendelkező szülőktől származó alomban születnek. A Cryptic Merle a Merle gén mutációja, és úgy néz ki, mint egy Tri black, vagy Tri red, de lehetnek felesleges fehér foltok a testén, és merle színű foltok.
A fantom Merle becenevet azért kapták, mert bizonyos esetekben nem észlelhető nyilvánvaló merle színezet, és összetéveszthető egy Tri színű Aussie-val. Más Cryptic Merle-ek könnyen észrevehetők a felesleges fehér vagy nagyobb merle foltok miatt a bundán.
A kriptikus merle színezet a SINE (Short Interspeed Nucleotide Element) nevű merle génből ered. Ez a gén teszi a Merle szőrzetet olyan sokoldalúvá és egyedivé. A SINE gén hossza a kutyában határozza meg, hogy a sötét foltok vagy foltok milyen kicsik vagy nagyok lesznek a Merle szőrön.
Ha egy Cryptic Merle-t egy másik Merle-lel pároztatnak, akkor Tri és Merle kölykök is születnek. Van azonban egy 3%-os esély arra, hogy dupla Merle-ket fognak létrehozni, ami a süketség és a vakság kockázatával jár, ezért a Cryptic Merle-ket szintén nem ajánlják tenyésztésre.
Mennél tovább van a SINE gén egy kutyában, annál több merle-t fog látni. Míg minél rövidebb a SINE gén a kutyában, a merle kevésbé lesz szembetűnő, és inkább Tri-hez kezd hasonlítani, ahogy az alábbi képeken balról jobbra látható.