インフルエンザウイルスは、エアロゾルまたは感染者の唾液などの呼吸器分泌物との接触によって気道に侵入すると、上皮細胞に付着して複製される。 ウイルスは、上気道と下気道の両方の細胞で複製される。 ウイルスの複製と感染に対する免疫反応（後述）が相まって、呼吸器を覆う細胞の破壊と喪失が起こります。 感染が治まると、上皮が再生されますが、この過程には1ヶ月ほどかかることがあります。
最近の論文では、ヒトのボランティアにインフルエンザウイルスを投与し、ウイルスの産生とインフルエンザ様症状を記録した多くの研究データがまとめられています。 その結果はこのグラフにまとめられています。
ボランティアにインフルエンザウイルスを鼻腔内投与し、毎日の鼻腔洗浄でウイルス力価を測定したところ、インフルエンザに感染していることがわかりました。 観察された症状は、鼻づまり、鼻水、喉の痛み、くしゃみ、嗄声、耳圧、耳痛、咳、呼吸困難、胸部不快感、発熱などであった。 その結果、ウイルスの排出は病気に1日先行するが、それ以外のカーブは非常によく似ていることがわかった。 ほとんどの感染症は軽症で5日で完治しますが、中には1週間も続くものもありました。 興味深いことに、3人に1人のボランティアは臨床的な病気を発症しなかったが、それでもウイルスを排出した。
これらの実験結果は、自然のインフルエンザ感染で起こることと完全に同じではない可能性が高い。 まず、この研究では、病気の経過が異なると思われる小児や高齢者を対象としていない。 さらに、感染のパターンはインフルエンザの株や宿主の免疫状態によって異なるだろう。
インフルエンザによる上気道や下気道の合併症はよくあることだ。 中耳炎、副鼻腔炎、気管支炎、クループなどである。 肺炎は、インフルエンザ感染のより重篤な合併症の一つであり、小児または成人に最も頻繁に観察される事象である。 ウイルス性一次性肺炎では、ウイルスが肺胞上皮細胞で増殖し、肺胞や気管支の壁を破裂させる。 インフルエンザH5N1ウイルスは、びまん性の肺胞損傷と間質性線維化を特徴とするウイルス性一次性肺炎を頻繁に引き起こします。 ウイルス性一次性肺炎は、主にインフルエンザ合併症のリスクが高い人（高齢者など）に起こりますが、症例の4分の1は妊婦を含むリスクのない人に起こります。
ウイルス性肺炎と細菌性肺炎の合併はよく見られます。 二次性細菌性肺炎では、患者は合併症のないインフルエンザから回復したように見えるが、その後、震えるような悪寒、胸膜炎を発症し、血性または膿性の痰を咳払いをするようになる。 このような症例からは、もはやインフルエンザウイルスを分離できないことがよくあります。 インフルエンザ関連肺炎を引き起こす最も一般的な細菌は、肺炎球菌、黄色ブドウ球菌、およびインフルエンザ菌です。 これらの症例は抗生物質で治療可能ですが、それでも症例致死率は約7%です。 1918-19年のインフルエンザ流行時には、二次性細菌性肺炎が主な死因となったが、この時期には抗生物質は使用できなかった。
インフルエンザウイルス感染が肺炎を引き起こす理由は分かっていない。 長年にわたっていくつかの仮説が提案され、否定されてきたが、そのうちの1つは、リンパ球の数の減少により、スーパーインフェクションに対する感受性が高まるというものである」
Carrat, F., Vergu, E., Ferguson, N., Lemaitre, M., Cauchemez, S., Leach, S., & Valleron, A. (2008). ヒトのインフルエンザにおける感染と疾病のタイムライン。 A Review of Volunteer Challenge Studies American Journal of Epidemiology, 167 (7), 775-785 DOI: 10.1093/aje/kwm375
Stegemann, S., Dahlberg, S., Kröger, A., Gereke, M., Bruder, D., Henriques-Normark, B., & Gunzer, M. (2009)（2019． インフルエンザウイルス感染時の肺炎球菌のスーパーインフェクションに対する感受性の増加は、TLR7を介したリンパ球減少症によって引き起こされるものではない PLoS ONE, 4 (3) DOI: 10.1371/journal.pone.0004840