ミソプロストールなどのプロスタグランジンアナログは、十二指腸潰瘍や胃潰瘍の治療に使用されています。 ミソプロストールや他のプロスタグランジンアナログは、有害な胃酸から胃腸管の粘膜を保護し、特にNSAIDsを継続投与している高齢者に適応されます。
眼科の分野では、このクラスの薬は緑内障の人の眼圧（IOP）を下げるために使用されています。 1970年代後半までプロスタグランジンは眼圧を上げると考えられていましたが、1977年に発表された論文でプロスタグランジンF2αが眼圧を下げることがわかり、その後の研究で、これは主に毛様体筋の弛緩による房水の流出の増加、またおそらく細胞外マトリックスの変化や海綿体網膜内の空間の拡大によることが明らかになりました。 この研究により、1996年にFDAから承認されたPGF2αのイソプロピルアナログであるラタノプロスト、2001年に承認されたビマトプロストとトラボプロスト、2012年に承認されたタフルプロストなど、PGF2αのプロドラッグが開発されるに至ったのです。 しかし、睫毛の増加、虹彩の色素沈着、目の周りの皮膚の黒ずみなど、使用に伴う副作用が顕著である
。