ファッション界のスーパーモデルが平均的なホモ・サピエンスを代表していないように、いくつかの「スーパーモデル生物」は近親者や自分の種さえ代表していないのである。 さらに、これらのスーパーモデル生物の中には、野生で生活したことがないものもいる。 作物であるトウモロコシもその一つで、約7〜1万年前に野生の草であるテオシンテをトウモロコシに変えたことが、おそらく人類によるバイオテクノロジーの革新の最初の例である。 また、醸造や製パン用の酵母S. cerevisiaeの家畜化も同じ時期に起こった。 ハツカネズミや線虫のC.elegansもまた、長い進化の歴史を人間と共有しており、私たちの家や果樹園が彼らの生息地になったとき、人間の共同生活者になったが、その存在を人間に借りたわけではない。 他のモデル生物とヒトとの関係は、より新しいものである。 例えば、海洋モデル生物であるCiona intestinalisは脊索動物の進化における重要な分岐点を占めているため、進化生物学者の関心が高まっている生物であるが、人間は船で世界中の海を流通させている。
多くの場合、モデル生物はその家畜化および実験環境へ適応しやすい特定の形質を持っており、この過程でモデル生物とその野生親族との違いが時とともに強調されてきたため、最も近い非モデル親族とは異なっている。 しかし、C. intestinalisのような一部のモデル生物は、実験室での繁殖に適応していない(今のところ)。 このことは、例えば、現地で採取した標本から作成されたデータは、地域社会のデータベースに蓄積されたデータとは大きく異なる可能性があるなど、一定の課題をもたらす一方で、適応や変異といった重要な進化過程を研究する機会を提供するものでもあるのです。
これらの記事が強調するように、多くのモデル生物は好景気と不景気のライフスタイルを持っているのです。 たとえば、線虫とメラノガスターは、どちらも野生で腐った食物源に住み着き、食物が手に入ると急速に繁殖します。 その結果、餌が豊富な間はライフサイクルが早く、世代時間が短く、遺伝的形質の研究や実験集団の生成に理想的な特性である。 野生では、A. thalianaは劣悪な環境下でも環境条件が良ければ急速に繁殖することに非常に成功している。
しかし、このように非常に好まれる、循環の速い形質を選択することは、結果をもたらします。 つまり、私たちが好むモデルの中には、捕食者や環境、競争相手から課せられる淘汰圧をむしろ回避する「生態学的逃避者」になりがちなものがあるのである。 残念ながら、モデル生物には選択圧から逃れる能力があるため、この系で研究できる形質が大きく制限されている。つまり、生態学者や進化生物学者は、最も関心のある形質を研究できないことが多いのだ。 例えば、シロイヌナズナは根系が素晴らしく単純で、発生過程の観察には理想的だが、非放射性生活様式の植物にとって重要であろう構造の複雑さが欠けている。 さらに、シロイヌナズナは、ほとんどの陸上植物にとって重要であり、農業上も重要な共生関係である菌根菌との関わりを全く持っていない。 また、自己肥料として成功したシロイヌナズナの花は、花粉媒介者、ひいてはそれを調査する生物学者にとって、ほとんど興味のないものである
。