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この疾患の原因については確実ではないが、黄色ブドウ球菌という細菌種が中心的な役割を果たし、ほとんどの患者の病変から検出されることがある。 黄色ブドウ球菌による二次的なコロニー形成を伴う別の主に無菌性のプロセスが存在するのか、あるいは黄色ブドウ球菌が強い免疫反応を引き起こすことによってプロセスを開始するのかは不明である。 もう一つの可能性は、黄色ブドウ球菌がスーパー抗原として働く毒素を産生し、それがT細胞受容体の可変ドメイン上でT細胞を直接活性化することである。 それにもかかわらず、黄色ブドウ球菌は、この疾患の患者さんのほぼ全員に見られますが、非患者さんでは20～30％しか検出されません
黄色ブドウ球菌は、デカルト毛包炎を患う人に常に見られるわけではないので、他の要因が存在するはずです。 例えば、毛包炎の患者さんは、遺伝的に毛包の開きが違っていて、細菌が定着しやすいのかもしれません。 また、免疫学的には、特に強い細胞間固定タンパク質であるICAM-1が、顆粒球やリンパ球などの白血球を引き寄せる作用が強く、炎症に寄与している可能性もある
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