ABCB11 または ABCB4 遺伝子の遺伝子変化は、女性が妊娠性肝内胆汁うっ滞症を発症する可能性を高める。
ABCB11 遺伝子には、Bile salt export pump（BSEP）というタンパク質を作る命令がある。 このタンパク質は肝臓に存在し、その主な役割は胆汁酸塩（胆汁の成分
）を肝細胞から外に出すことで、胆汁が正常に分泌されるために重要です。 妊娠の肝内胆汁うっ滞に伴うABCB11遺伝子の変化により、BSEPタンパク質の量あるいは機能が低下するが、ほとんどの状況下で十分な胆汁分泌のための機能が残っている。 妊娠中に増加するエストロゲンとプロゲステロン（およびその分解産物）は、BSEPの機能をさらに低下させ、胆汁分泌の障害と妊娠性肝内胆汁うっ滞の特徴をもたらすことが研究で示されている
ABCB4遺伝子は、リン脂質という特定の脂肪を細胞膜上で移動させて胆汁に放出するのを助けるタンパク質を作る指示を与える。 リン脂質は胆汁酸（胆汁のもう一つの成分）に付着（結合）します。 胆汁酸がリン脂質に結合していないと、多量の胆汁酸が毒性を発揮することがあります。 ABCB4遺伝子の1コピーに変異があると、ABCB4タンパク質の産生が軽度に減少する。 しかし、ほとんどの場合、十分な量のリン脂質が肝細胞から移動し、胆汁酸と結合するのに十分な量のタンパク質が利用できる。 メカニズムは不明であるが、妊娠中は残ったABCB4タンパク質の機能が低下しているようで、リン脂質の胆汁中への移動がさらに低下している可能性がある。 胆汁酸と結合できるリン脂質が不足すると、有毒な胆汁酸が蓄積し、胆汁の流れの調節を含む肝機能が損なわれる。
妊娠性肝内胆汁うっ滞の女性のほとんどは、ABCB11またはABCB4遺伝子に遺伝子変異を有していない。 他の遺伝的及び環境的要因が、この状態への感受性を高める役割を果たしている可能性が高い
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