El lago Marion se creó con la construcción de la presa de Santee en noviembre de 1941, que formaba parte del Proyecto Hidroeléctrico y de Navegación de Santee Cooper, de propiedad estatal. El proyecto también incluía la construcción de la presa Pinopolis (presa del río Cooper) para crear el lago Moultrie, inmediatamente aguas abajo, y un canal de desvío de siete millas y media de longitud para conectar ambos. Este fue uno de los proyectos de infraestructuras apoyados por el presidente Franklin D. Roosevelt durante la Gran Depresión para proporcionar puestos de trabajo e invertir en el futuro.
La presa de Wilson’s Landing tiene ocho millas de longitud y 62 compuertas Tainter. A pesar de su tamaño, la presa de Santee sólo genera 1,92 megavatios de energía hidroeléctrica. Las instalaciones hidroeléctricas de la presa de Pinopolis fueron diseñadas para producir la mayor parte de la energía según el plan original: genera unos 128 megavatios. En 1985, como parte de un desvío y rediseño a gran escala, el Cuerpo de Ingenieros del Ejército de los Estados Unidos instaló la instalación hidroeléctrica de la presa de San Esteban para recuperar la capacidad de generación perdida de otros 84 megavatios.
El lago Marion se alimenta de muchos afluentes, como el arroyo Wyboo y el río Santee, y también de numerosos manantiales, como el de Eutaw. El lago lleva el nombre del general de la Guerra de la Independencia estadounidense Francis Marion, conocido legendariamente como el «Zorro del Pantano». Su antigua casa de Pond Bluff fue una de las que se inundaron cuando se creó el lago.