Afschaffing van het feodalisme
De Meiji-hervormers begonnen met maatregelen die de gedecentraliseerde feodale structuur aanpakten waaraan zij de zwakte van Japan toeschreven. In 1869 werden de heren van Satsuma, Chōshū, Tosa en Saga overgehaald om hun landerijen aan de troon terug te geven. Anderen volgden al snel. Het hof ondernam stappen om het bestuur van de domeinen te standaardiseren en benoemde hun voormalige daimyo tot gouverneurs. In 1871 werden de gouverneurs-daimyo naar Tokio ontboden en kregen te horen dat de domeinen officieel werden afgeschaft. De 250 voormalige domeinen werden nu 72 prefecturen en drie metropolitane districten, een aantal dat later met een derde werd teruggebracht. De meeste daimyo’s werden uit hun bestuurlijke functies ontheven en, hoewel ze in 1884 werden beloond met titels in een nieuwe adelstand in Europese stijl, in feite uit hun politieke macht ontzet.
De Meiji-leiders realiseerden zich ook dat ze een einde moesten maken aan het complexe klassensysteem dat onder het feodalisme had bestaan. Het was echter moeilijk om te gaan met de samoerai, die in 1868 bijna twee miljoen leden telden. Vanaf 1869 werd de oude hiërarchie vervangen door een eenvoudiger indeling in drie rangen: hofadel en voormalige feodale heren werden kazoku (“edelen”); voormalige samoerai, shizoku, en alle anderen (inclusief verstotenen) werden nu heimin (“gewone burgers”). De samoerai kregen aanvankelijk een jaarlijks pensioen, maar onder financiële druk werden deze in 1876 omgezet in eenmalige uitkeringen van rentedragende maar niet-converteerbare obligaties. Andere symbolische klassenonderscheidingen, zoals de haardracht van de samoerai en het privilege om zwaarden te dragen, werden afgeschaft.
Veel voormalige samoerai hadden geen commerciële ervaring en verkwisten hun obligaties. Ook de inflatie ondermijnde hun waarde. Een nationaal dienstplichtsysteem dat in 1873 werd ingevoerd, ontnam de samurai nog meer hun monopolie op de militaire dienst. De ontevredenheid van de samurai leidde tot talrijke opstanden, waarvan de ernstigste plaatsvonden in het zuidwesten, waar de restauratiebeweging was begonnen en de krijgers de grootste beloningen verwachtten. Een opstand in Chōshū uitte ontevredenheid over administratieve maatregelen die de samurai van hun status en inkomen beroofden. In Saga riepen samurai op tot een buitenlandse oorlog om hun klasse van werk te voorzien. De laatste, en verreweg de grootste, opstand kwam in Satsuma in 1877. Deze opstand werd geleid door de restauratieheld Saigō Takamori en duurde zes maanden. De dienstplichtige legers van de keizerlijke regering hadden het moeilijk om Saigō te verslaan, maar uiteindelijk zorgden superieur vervoer, moderne communicatiemiddelen en betere wapens voor de overwinning van de regering. In deze opstand, net als in de andere, waren de problemen plaatselijk, en de meeste Satsuma mannen in de centrale regering bleven trouw aan de keizerlijke zaak.
Er werd in 1873 begonnen met landmetingen om de hoeveelheid en de waarde van het land te bepalen op basis van de gemiddelde rijstopbrengst in de afgelopen jaren, en er werd een monetaire belasting van 3 procent van de landwaarde ingesteld. Dezelfde enquêtes leidden tot certificaten van grondbezit voor boeren, die werden bevrijd van de feodale controle. De landmaatregelen brachten fundamentele veranderingen met zich mee en er heerste onder de boeren verwarring en onzekerheid die tot uiting kwam in kortstondige opstanden en demonstraties. Maar de invoering van particulier eigendom en maatregelen ter bevordering van nieuwe technologie, meststoffen en zaaigoed leidden tot een stijging van de landbouwproductie. De grondbelasting, aangevuld met geldpersen, werd gedurende enkele decennia de belangrijkste bron van overheidsinkomsten.
Hoewel het geld schaars was, startte de regering een programma van industrialisatie, dat als essentieel voor de nationale kracht werd beschouwd. Met uitzondering van de militaire industrie en de strategische communicatie, was dit programma grotendeels in particuliere handen, hoewel de regering proefbedrijven opzette om aan te moedigen. Handel en produktie profiteerden van een groeiende nationale markt en rechtszekerheid, maar de ongelijke verdragen die met buitenlandse mogendheden werden gesloten, maakten het tot 1911 onmogelijk om industrieën met tarieven te beschermen.
In de jaren 1880 bracht de angst voor buitensporige inflatie de regering ertoe haar overgebleven fabrieken aan particuliere investeerders te verkopen – meestal personen met nauwe banden met de machthebbers. Het resultaat was dat een kleine groep mannen veel industrieën ging domineren. Gezamenlijk werden zij bekend als de zaibatsu, of financiële kliekjes. Met grote mogelijkheden en weinig concurrenten, gingen zaibatsu bedrijven overheersen, onderneming na onderneming. Deze mannen deelden eenzelfde visie voor het land en onderhielden nauwe banden met de regeringsleiders. Het Mitsui Huis bijvoorbeeld stond op vriendschappelijke voet met veel van de Meiji oligarchen, en het Mitsubishi Huis was opgericht door een samoerai uit Tosa die een medewerker was geweest van mensen uit de binnenste kring van de regering.
Even belangrijk voor de opbouw van een moderne staat was de ontwikkeling van een nationale identiteit. Ware nationale eenheid vereiste de verbreiding van nieuwe loyaliteiten onder de bevolking en de transformatie van machteloze en sprakeloze boeren in burgers van een gecentraliseerde staat. Het gebruik van religie en ideologie was van vitaal belang voor dit proces. De vroege Meiji-politiek verhief daarom Shintō tot de hoogste positie in de nieuwe religieuze hiërarchie, waarbij het boeddhisme werd vervangen door een cultus van nationale goden die de troon ondersteunden. Het christendom werd in 1873 met tegenzin gelegaliseerd, maar hoewel het voor sommige intellectuelen belangrijk was, werd het door velen in de regering met argwaan behandeld. De uitdaging bleef hoe traditionele waarden te gebruiken zonder het risico te lopen dat de regering de Japanners een staatsgodsdienst zou opdringen. In de jaren 1890 vormde het onderwijssysteem het ideale middel om de nieuwe ideologische oriëntatie bij te brengen. In 1872 werd een systeem van universeel onderwijs aangekondigd. Een tijd lang waren de organisatie en de filosofie ervan westers, maar in de loop van de jaren 1880 kwam er een nieuwe nadruk op ethiek naar voren, toen de regering probeerde excessieve verwesterlijking tegen te gaan en Europese ideeën over nationalistisch onderwijs volgde. In 1890 werden in het Keizerlijk Rescript over Onderwijs (Kyōiku Chokugo) de lijnen uitgezet van de Confuciaanse en Shintō-ideologie, die de morele inhoud vormden van het latere Japanse onderwijs. Zo werd de loyaliteit aan de keizer, die omgeven was met Confuciaanse leringen en Shintō-verering, het centrum van de ideologie van de burger. Om beschuldigingen van indoctrinatie te vermijden, maakte de staat een onderscheid tussen deze seculiere cultus en de eigenlijke godsdienst, door “godsdienstvrijheid” toe te staan en tegelijkertijd een vorm van aanbidding te eisen als patriottische plicht van alle Japanners. Het onderwijssysteem werd ook gebruikt om het ideaal van trouw aan de samoerai, dat de erfenis was van de heersende klasse, te projecteren op de gehele burgerij.