Niet te verwarren met een Double Merle, de Cryptic Merle of “Phantom Merle” zoals hun bijnaam luidt, zijn een wild card onder de nesten. In zeldzame gevallen kunnen Cryptic Merles geboren worden in een nest van welke ouder dan ook met het Merle gen. Cryptic Merles zijn een mutatie van het Merle gen en zien eruit als een Tri black, of Tri red maar kunnen overtollige vlekken van wit op het lichaam hebben, en spatten van merle.
Ze hebben de bijnaam “Phantom Merle” omdat er in sommige gevallen geen duidelijke merle kleuring kan worden waargenomen en kunnen worden verward met een Tri gekleurde Aussie. Andere Cryptic Merles kunnen gemakkelijk worden opgemerkt door de overmaat aan wit of grotere vlekken van Merle op de vacht.
Cryptic Merle kleuring komt van het Merle gen genaamd SINE (Short Interspeed Nucleotide Element). Dit gen is wat de Merle vacht zo veelzijdig en uniek maakt. De lengte van het SINE gen in een hond zal bepalen hoe klein of groot de donkere vlekken of patches zullen zijn op de Merle vacht.
Als een Cryptic Merle met een andere Merle wordt gefokt, zullen zij zowel Tri, als Merle puppies voortbrengen. Er is echter een kans van 3% dat ze dubbele Merles voortbrengen met de bijbehorende risico’s van doofheid en blindheid, en daarom worden Cryptic Merles ook afgeraden om mee te fokken.
Hoe langer het SINE gen in een hond zit, hoe meer Merle je zult zien. Hoe korter het SINE gen in een hond is, des te minder duidelijk zal het merle zijn, en zal het meer op een Tri gaan lijken, zoals te zien is op de foto’s hieronder van links naar rechts.