Er is geen zekerheid over de oorzaak van deze aandoening, maar de bacteriesoort Staphylococcus aureus speelt een centrale rol en kan in de laesies van de meeste patiënten worden aangetoond. Het is onduidelijk of er sprake is van een ander primair steriel proces met secundaire kolonisatie door Staphylococcus aureus, of dat Staphylococcus aureus het proces in gang zet door een sterke immuunreactie te veroorzaken. Een andere mogelijkheid is dat Staphylococcus aureus toxinen produceert die fungeren als superantigenen die de T-cellen rechtstreeks activeren via het variabele domein van de T-celreceptoren. Niettemin kan Staphylococcus aureus worden aangetroffen bij bijna alle patiënten die aan deze aandoening lijden, terwijl het slechts bij 20-30% van de niet-getroffen mensen wordt aangetroffen.
Aangezien Staphylococcus aureus niet altijd wordt aangetroffen bij mensen die lijden aan folliculitis decalvans, moeten er andere factoren aanwezig zijn. Door onderzoek in families werd vastgesteld dat er een familieband bestaat met de voorvallen, wat tot de conclusie leidt dat er een genetische predispositie voor bestaat; patiënten met folliculitis decalvans zouden bijvoorbeeld een erfelijk afwijkende opening van de haarfollikel kunnen hebben waardoor de bacterie zich gemakkelijker kan innestelen. Immunologisch gezien is een andere mogelijkheid dat vooral het intercellulaire fixatie-eiwit ICAM-1 bijdraagt tot de ontsteking door zijn sterke aantrekkingskracht op witte bloedcellen zoals granulocyten en lymfocyten.