Genetische veranderingen in het ABCB11- of het ABCB4-gen kunnen de kans van een vrouw op het ontwikkelen van intrahepatische cholestase van de zwangerschap verhogen.
Het ABCB11-gen geeft instructies voor het maken van een eiwit dat de galzout-exportpomp (BSEP) wordt genoemd. Dit eiwit wordt aangetroffen in de lever, en zijn belangrijkste rol is het verplaatsen van galzouten (een bestanddeel van gal) uit levercellen, wat belangrijk is voor de normale afgifte van gal. Veranderingen in het ABCB11-gen die in verband worden gebracht met intrahepatische cholestase van de zwangerschap verminderen de hoeveelheid of de functie van het BSEP-eiwit, hoewel er voldoende functie overblijft voor voldoende galafscheiding onder de meeste omstandigheden. Studies tonen aan dat de hormonen oestrogeen en progesteron (en producten gevormd tijdens hun afbraak), die verhoogd zijn tijdens de zwangerschap, de functie van BSEP verder verminderen, wat resulteert in een verminderde galafscheiding en de kenmerken van intrahepatische cholestase van de zwangerschap.
Het ABCB4-gen geeft instructies voor het maken van een eiwit dat helpt bepaalde vetten, fosfolipiden genaamd, over celmembranen te verplaatsen en ze in de gal vrij te geven. Fosfolipiden hechten (binden) zich aan galzuren (een ander bestanddeel van gal). Grote hoeveelheden galzuren kunnen giftig zijn als ze niet aan fosfolipiden gebonden zijn. Een mutatie in één kopie van het ABCB4-gen vermindert de productie van ABCB4-eiwit in lichte mate. Onder de meeste omstandigheden is er echter voldoende eiwit beschikbaar om een voldoende hoeveelheid fosfolipiden uit de levercellen te verplaatsen om zich te binden aan galzuren. Hoewel het mechanisme onduidelijk is, lijkt de functie van het resterende ABCB4-eiwit tijdens de zwangerschap verstoord te zijn, waardoor de verplaatsing van fosfolipiden naar de gal nog verder kan verminderen. Het gebrek aan beschikbare fosfolipiden om zich te binden aan galzuren leidt tot een opeenhoping van toxische galzuren die de leverfunctie kunnen belemmeren, waaronder de regulatie van de galstroom.
De meeste vrouwen met intrahepatische cholestase van de zwangerschap hebben geen genetische verandering in het ABCB11- of ABCB4-gen. Andere genetische en omgevingsfactoren spelen waarschijnlijk een rol bij het verhogen van de gevoeligheid voor deze aandoening.